علی اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام گفته است که درباره رد صلاحیت حسن خمینی یک مکالمه طولانی با رهبر جمهوری اسلامی داشته که تاثیراتی هم گذاشته است اما «یک نفر همه‌ی کارها را خراب کرد».
هاشمی رفسنجانی در گفت‌وگو با ویژه‌نامه نوروزی روزنامه آرمان البته از فرد خاصی در این زمینه نام نبرد.
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام گفته است که هنوز از تأیید نشدن صلاحیت نوه بنیانگذار جمهوری اسلامی قانع نشده است.
رفسنجانی همچنین در پاسخ به این سوال که برخی معتقدند سخنرانی او در مراسم ۱۲ بهمن ماه در فرودگاه امام خمینی راه را برای عدم تأیید صلاحیت حسن خمینی هموار کرده است، گفت: «آنها از قبل چنین تصمیمی گرفته بودند و من هم از تصمیم آنها خبر داشتم».
هاشمی رفسنجانی ۱۲ بهمن ماه در سخنانی به مناسبت ورود آیت‌الله خمینی به کشور خطاب به اعضای شورای نگهبان گفت که «شما صلاحیت خود را از کجا آورده‌اید و چه کسی به شما اجازه داده یک جا بنشینید و برای دولت و مجلس و جاهای دیگر داوری کنید؟»
اظهارات رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام در آن زمان واکنش تندروها را به دنبال داشت و برخی او را «منحرف» دانستند و برخی اصلاح‌طلبان نیز از مواضع هاشمی انتقاد کردند.
در جریان پنجمین دوره انتخابات مجلس خبرگان رهبری، شورای نگهبان صلاحیت حسن خمینی را به دلیل شرکت نکردن در امتحان علمی اجتهاد رد کرد.
