سرانجام بعد از یک سال و نیم کشمکش میان حسن روحانی با علی خامنه‌ای و اعضای تندرو شورای عالی انقلاب فرهنگی در مورد انتخاب رئیس دانشگاه تهران سرانجام زور حجت‌الاسلام حسن روحانی رییس جمهوری اسلامی بر مخالفان دکتر محمود نیلی احمدآبادی برای ریاست این دانشگاه چربید و دکتر فرهادی وزیر علوم حکم ریاست دکتر محمود نیلی احمدآبادی را به ریاست بزرگترین و قدیمی‌ترین دانشگاه ایران صادر کرد.
در این مدت در جلسات شورای عالی انقلاب فرهنگی چند بار میان روحانی و اعضای تندرو این شورا که نظرات خامنه‌ای و اصولگرایان و مجلس را بازتاب می‌دهند به دلیل آنکه دکتر محمود نیلی را از فعالان حوادث سال ۸۸ می‌دانند بگومگوهای تند رد و بدل شده است.
وزیر علوم هم‌زمان حکم انتصاب رؤسای ۲۰ دانشگاه دیگر ایران را نیز امضا کرده است. که عبارتند از: دکتر محمدتقی احمدی به ریاست دانشگاه تربیت مدرس، دکتر حسن ولی زاده به ریاست دانشگاه آذربایجان، دکتر فردین اخلاقیان طلب به ریاست دانشگاه کردستان، دکتر محمدعلی اکبری به ریاست دانشگاه ایلام، دکتر شایان شامحمدی به ریاست دانشگاه شهرکرد، دکتر محمود رضا رحیمی به ریاست دانشگاه یاسوج، دکتر مسعود نادریان جهرمی به ریاست دانشگاه جهرم، دکتر محمد میرزایی بادیزی به ریاست دانشگاه تحصیلات تکمیلی و فناوری پیشرفته کرمان، دکتر عبدالحمید مصلح به ریاست دانشگاه خلیج فارس و دکتر بهمن حیاتی به ریاست دانشگاه ملایر منصوب شدند.
در تغییرات جدید دکتر علیرضا بندانی به ریاست دانشگاه سیستان و بلوچستان، دکتر ناصر مهرشاد را به ریاست دانشگاه صنعتی بیرجند، دکتر علی اصغر بهشتی به ریاست دانشگاه مهندسی فناوریهای نوین قوچان، دکتر محمدحسین شفیعی به ریاست دانشگاه بزرگمهر قائنات، دکتر علی رضا باقری ثالث به ریاست دانشگاه حضرت معصومه، دکتر محمود نیلی به ریاست دانشگاه صنعتی همدان، دکتر فرامرز میرزایی به ریاست دانشگاه سیدجمال الدین اسدآبادی، دکتر عباس کلانتری به ریاست دانشگاه میبد، دکتر امین رضا نقره آبادی به ریاست دانشگاه صنعتی شهدای هویزه و دکتر فتح الله قدس به ریاست دانشگاه سمنان (فرزانگان) انتخاب شدند. برخی از این افراد پیش از این به عنوان سرپرست دانشگاه مشغول بودند که پس از تأیید شورای انقلاب فرهنگی حکم ریاست آنها صادر شد.
