انتشار فایل صوتی سخنان آیت‌الله منتظری درباره اعدام‌های سال ۱۳۶۷ و افشاگری بدون سانسور تاریخی وی٬ واکنش‌ها و تکذیبیه‌های بسیاری را از طرف برخی مقامات جمهوری اسلامی و رسانه‌های داخلی وابسته به حکومت برانگیخته است.
محمدعلی انصاری٬ عضو دفتر آیت‌الله خمینی صحبت‌های آیت‌الله منتظری را به دور از انصاف و همراه با پیش‌داوری دانست و گفت: «محتوای این جلسه به صورت ناقص و مشحون از اغلاط و تحریف‌هاست و فلسفه وجودی این جلسه و مسایلی که در آن گذشته به صورت واضح برای کسی که سخنان آقای منتظری را می شنود معلوم نیست».
به گزارش وبسایت خبری جماران٬ وی سخنان منتظری را در مورد احمد خمینی یک نسبت ناروا دانست٬ آنها را تکذیب کرد و گفت: «در مورد سخنان آقای منتظری مبنی بر اینکه گفته است آقای احمدی (حاکم شرع خوزستان) به جماران آمده و خواسته از طریق من و احمد خمینی مطالب خود را با امام مطرح کنند و ما اظهار کرده‌ایم که فقط باید دستبوسی کنند و مطالب را به گونه دیگری منتقل کنند تا جایی که در خاطرم هست، اتفاق اینچنینی اصلا وجود نداشته است و من کوچکتر از آن بودم که در بحثی که یک طرف آن پیغام آقای منتظری بود و یک طرف دیگر آن رفتار قوه قضاییه با زندانیان بوده و ملاقات نیز مربوط به فردی است که واسط قوه قضائیه و آقای منتظری و امام بوده، بخواهم مسیر را تغییر دهم. اصلا جایگاه و حوزه اختیار و مسوولیت ما اینگونه نبوده است و این نسبت ناروایی است».
او با اشاره به اینکه در عین حال هنوز پشت پرده زندگی و خاطرات آقای منتظری حقایق ناگفته است٬ گفت: «این حقایق به موقع باید بیان شود و اگر حرفی زده شود جامعه از اسناد و واقعیات می‌تواند پی ببرد که ایشان به خمینی و نظام، خود و هوادارانش که افکار پاک و بعضا بدون اطلاعات دقیق از سیر تاریخی است، ظلم کرده‌اند و امیدوارم کسانی که این نوار را منتشر کرده‌اند متنبه شوند و دیگر تکرار نکنند».
سید محمد موسوی بجنوردی٬ عضو شوراى عالى قضایى در دوران آیت‌الله خمینی هم به سخنان منتشر شده آیت الله منتظری واکنش نشان داد و آن را ناشی از اطلاعات غلطی دانست که مغرضانه به ایشان منتقل شده است.
وی تاکید کرد: «شوراى عالى قضایی کاملا مستقل و غیر قابل نفوذ بود و در آن، تصمیمات همیشه به راى گذاشته مى‌شد و ملاک اکثریت بود».
او در حالی که از گرو‌های مجاهدین و افراد اعدام شده در سال ۱۳۶۷ به عنوان منافقین یاد کرد٬ گفت: «من نمى دانم که انتشار سخنان آیت الله منتظرى در روزهایى که منافقین جلاد و آدمکش آلت دست حکام سعودى شده‌اند و عملا در صدد احیاى جریان نفاق هستند از کدام پشتوانه عقلى، ملى و شرعى برخوردار است».
خبرگزاری فارس نیز که رسانه وابسته به سپاه پاسداران است، با انتشار مطلبی علیه انتشار فایل صوتی سخنان منتظری نوشت وقتی «دیگر دست آیت‌الله منتظری از رهبری کوتاه شد، آنقدر نسبت‌های غلط و ناروا روانه «امام» می‌شود تا سایرین از ولایت فقیه چندششان شود».
این خبرگزاری با توصیف کردن انتشار این فایل به «انتقام‌کشی‌های بیت آیت‌الله منتظری از آیت‌الله خمینی»، از عدم موضع‌گیری موسسه نشر و تنظیم آثار آیت‌الله خمینی درباره سخنان آیت الله منتظری انتقاد کرد و همچنین نوشت: «جالب آنکه از شخص سیدحسن خمینی نیز کمتر موضعی در محکومیت آیت‌الله منتظری و حامیانش می‌توان یافت».
علاوه بر خبرگزاری فارس، دیگر رسانه‌های نزدیک به حکومت در ایران نیز به انتشار این فایل صوتی واکنش نشان داده‌اند.
خبرگزاری میزان، وابسته به قوه قضاییه ایران علیه آیت‌الله منتظری نوشت که آیت‌الله خمینی از ابتدا با انتخاب منتظری به عنوان قائم‌مقام خود مخالف بوده است.
این خبرگزاری با استناد به یک خاطره از محمدی گیلانی که خود از متهمان اعدام‌های دهه شصت است، اضافه می کند که با انتخاب منتظری برای این مقام آیت‌الله خمینی «در برابر یک امر انجام شده قرار گرفت».
