رئیس دانشگاه تهران که در دور اول ریاست جمهورى حسن روحانى، انتخاب او با مخالفت تندروها روبرو شد مى‌گوید نگاه سیاسى به وزارت علوم، آموزش عالى را در وضعیت از هم پاشیدگى قرار داده است.
در اوایل دور اول ریاست جمهورى روحانى هنگامی که او دکتر محمود نیلى احمدآبادی را براى ریاست دانشگاه تهران معرفى کرد و صحبت از لزوم باز شدن روزنه‌هایى براى تنفس منتقدین و دموکراسى‌خواهان در موسسات آموزش عالى به میان آمد عده‌اى از نماینده‌هاى هوادار على خامنه‌اى به دلیل نظرات دکتر نیلى درباره لزوم ایجاد فضاى باز در دانشگاه‌ها و مشارکت دانشجویان در بحث‌هاى سیاسى و انتقادى و مخالفت با حضور نیروهاى امنیتى در دانشگاه مدت‌ها با انتصاب او موافقت نکردند و به همین دلیل دانشگاه تهران نزدیک به یک سال بدون رئیس بود تا آنکه سماجت و ایستادگى روحانى به نتیجه رسید و نیلى رئیس دانشگاه شد.
دکتر محمود نیلى حالا مى‌گوید توسعه آموزش عالى نیاز به یک وزیر علوم مستقل و مقتدر با نگاه، روش، نظرات و عقاید منجمد نشده دارد. او ضمن انتقاد به عدم تعیین وزیر علوم به دلیل مخالفت‌هاى برخى از نمایندگان با وزراى معرفى شده از سوى رئیس جمهورى بخصوص کاندیداهاى خانم براى این سمت گفت نبود وزیر در راس این وزارتخانه به حوزه علم و فناورى و برنامه‌هاى درازمدت این بخش‌ها صدمات زیادى وارد مى‌کند. او همچنین یادآور شد در همه دنیا آموزش علوم مختلف از جمله پزشکى در یک‌جا متمرکز هستند و در ایران هم همین‌گونه باید باشد.
