در حالی که نمایندگان استان خوزستان در نامه‌ای به حسن روحانی تذکر داده و رئیس سازمان حفاظت محیط زیست را «مُصِر به نابودی طبیعت خوزستان» خوانده‌اند، عیسی کلانتری از کمبود بودجه سازمانی که ریاست آن را بر عهده دارد شکایت کرده و گفته که فقط ۴ برابر شورای نگهبان ۱۲ نفره بودجه داریم!
۱۲نماینده‌ی استان خوزستان در مجلس شورای اسلامی در نامه‌ای به حسن روحانی، نسبت به عملکرد عیسی کلانتری در سازمان حفاظت محیط زیست تذکر داده‌اند.
در این تذکرنامه این پرسش مطرح شده که «چرا رئیس سازمان محیط زیست همچنان اصرار دارد که سیاست‌‌های نابودی خوزستان را دنبال کند.»
این در حالیست که عیسی کلانتری در نشست هوای پاک از کمبود بودجه گلایه کرده و گفته است: «پول کم داریم، خیلی کم داریم.»
وی بودجه سازمان محیط زیست را با دو نهاد انتصابی مقایسه کرده و گفته است: «بودجه سازمان محیط زیست ۲.۵ برابر بودجه مجمع تشخیص مصلحت نظام و فقط چهار برابر شورای نگهبان ۱۲ نفره است.»
به گفته کلانتری، بودجه سازمان محیط زیست یک‌سوم سازمان جنگل‌ها و نصف سازمان دامپزشکی است.
رئیس سازمان محیط زیست ادامه داد: «در چنین شرایطی باید راندمان را بالا ببریم و با پول کم محیط زیست کل کشور را مدیریت کنیم.»
اختلاف عیسی کلانتری با نمایندگان استان خوزستان، به نامه محرمانه وی به معاون اول حسن روحانی مبنی بر پرآب بودن خوزستان و امکان انتقال آب از این استان برمی‌گردد. کلانتری پس از رسانه‌ای شدن این نامه در جلسه شورای اداری استان خوزستان شرکت کرد و در پاسخ به اعتراض نمایندگان خوزستان گفت که «این نظر بنده است» و «شما فکر کردید من ابتکار هستم!» اشاره‌ی وی به معصومه ابتکار رییس پیشین سازمان محیط زیست است که در زمان وی نیز اقدامی در جهت پیشگیری از تخریب‌های مختلف علیه محیط زیست در همه‌ی زمینه‌ها صورت نگرفت.
عیسی کلانتری همچنان بر طرح انتقال آب از خوزستان اصرار دارد و مدعی است خوزستان یک استان پرآب است ولی نوع مدیریت آن مشکل‌زاست.
