یک روز پس از آنکه احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان خواستار رد صلاحیت نامزدهای اقلیت‌های مذهبی در انتخابات شوراهای شهر و روستا شد، در مجلس شورای اسلامی تکاپو برای جلوگیری از اجرای چنین دستوری آغاز شد.
همزمان با بررسی صلاحیت نامزدهای انتخابات شوراهای شهر و روستا توسط هیات‌های نظارت، روز سهشنبه ۲۹ فروردین نامه‌ای با امضای احمد جنتی منتشر شد که در آن او تاکید کرده بود تایید صلاحیت نامزدهای اقلیت دینی در مناطق مسلمان‌نشین ایران خلاف موازین شرعی و خلاف نظر روحالله خمینی است.
در ابلاغیه‌ی شورای نگهبان آمده «با عنایت به اطلاعات واصله از برخی مناطق کشور که اکثریت مردم آنها مسلمان و پیرو مذهب رسمی کشور هستند و افراد غیرمسلمان در این مناطق خود را داوطلب عضویت در شوراهای اسلامی شهر و روستا نموده‌اند و با توجه به اینکه تصمیمات شوراها در خصوص مسلمین بدون لزوم رسیدگی به آن در شورای نگهبان لازم‌الاتباع خواهد بود چنین مناطقی با نص فرمایشات بنیانگذار جمهوری اسلامی در تاریخ ۱۲ مهر ۱۳۵۸ مغایر است و لذا خلاف موازین شرع شناخته می‌شود».
دبیر شورای نگهبان در توجیه قانونی این دستور گفته که «چون غیرمسلمان نمی‌تواند بر مسلمان حاکم شود»، طبق نظر آیت‌الله خمینی بنیانگذار جمهوری اسلامی، روی کار آمدن افراد غیرمسلمان در مناطق مسلمان‌نشین «خلاف موازین شرع» است.
یک روز پس از انتشار این نامه، معدودی از نمایندگان مجلس به آن واکنش نشان دادند. از جمله میرزایی‌نکو نماینده دماوند که در اخطار قانونی در این باره انتقاداتی مطرح کرد و گفت: «متاسفانه در حال حاضر نظارت استصوابی از میزان احوالات افراد به قوانین تسری پیدا کرده که این یک بدعت است، قطعاً با این روند ممکن است هر روز قوانین مصوب مجلس ملغی شود، قطعاً باید این موضوع مورد رسیدگی قرار گیرد».
روز چهارشنبه ۳۰ فروردین نیز اسفندیار بختیاری نماینده زرتشتیان در مجلس شورای اسلامی در نامه‌ای به علی لاریجانی رییس مجلس به ابلاغیه شورای نگهبان اعتراض کرده و «اخطار قانون اساسی» داده است. بختیاری در این نامه نوشته است: «بر اساس اصل ۹۴ و ۹۵ قانون اساسی، شورای محترم نگهبان در مدت زمان مشخصی امکان اظهار نظر در مورد هر قانون را دارد که پس از اتمام آن و طی مراحل قانونی، قانون مصوب و لازم الاجرا است. حال چگونه امکان دارد، قانونی که بیش از ۲۰ سال از تصویب آن می گذرد، بدون ارائه طرح یا لایحه و طی کردن مراحل مشخص در قانون اساسی و آیین نامه داخلی مجلس، بخشی از آن لغو شود. اگر این اتفاق رخ دهد، پس چگونه بر اساس اصل ۵۸، مجلس مسئول قوه مقننه و در راس امور است؟»
نماینده زرتشتیان در مجلس شورای اسلامی همچنین نوشته است: «نکته دیگر این است که این قانون در چند مرحله از انتخابات شورای شهر و روستا به کار گرفته شده است و پیروان ادیان الهی در انتخابات شرکت کرده‌اند و نیازی به تفسیر ندارد، ولی چنانچه این نامه اجرایی شود و پیروان ادیان الهی در این دوره اجازه حضور نداشته باشند، مخالف اصل سوم قانون اساسی و عدالت و برابری نیز است.»
اسفندیار بختیاری نماینده زرتشتیان در مجلس شورای اسلامی از علی لاریجانی خواسته «بر اساس قانون اساسی عمل کرده» و «دستورات لازم را صادر فرمایند.»
طبق قانون، نظارت بر انتخابات شوراها بر عهده مجلس است و اصلاحیه‌های قوانین در سال‌های ۷۵، ۸۶ و ۹۲ چندین بار به شورای نگهبان رفته که برخی خلاف موازین شرعی تشخیص داده شده و در مجموع این قوانین به تایید شورای نگهبان رسیده است.
علی مطهری رئیس جلسه، در پاسخ به این اخطار گفت: «این موضوع مقداری مبهم است و ما منتظر توضیح سخنگوی شورای نگهبان در این باره هستیم و رئیس مجلس هم اقدامی در این باره انجام داده که انشاءالله مطلب روشن شود».
قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران دین اسلام را دین رسمی کشور می‌شناسد ولی ادیان مسیحی، یهودی و زرتشتی را نیز به رسمیت شناخته است. مطابق تبصره یک ماده ۲۶ قانون انتخابات شورها تایید صلاحیت داوطلبان نامزدی که دارای یکی از این ادیان رسمی باشند بلامانع است، اما دبیر شورای نگهبان با استناد به گفته‌های خمینی، استفاده از این تبصره را در شهرهایی که مسلمان و پیرو مذهب رسمی هستند خلاف موازین شرعی توصیف کرده است.
