۲۸۰۰ رشته محل‌های کار‌شناسی ارشد دانشگاه آزاد توسط وزارت علوم حذف و فاقد اعتبار شناخته شد.
این اقدام وزارت علوم در حالی که دانشجوی‌های زیادی در این دانشکده‌ها مشغول به تحصیل و برخی نیز در حال انتخاب رشته برای ورود به مقطع کار‌شناسی ارشد دانشگاه آزاد بودند واکنش‌های زیادی را به دنبال داشت.
برخی مسئولان دانشگاه آزاد این اقدام وزارت علوم را غیرکار‌شناسی و نسنجیده ارزیابی کردند.
در همین رابطه سخنگوی دانشگاه آزاد با تاکید بر اینکه حذف ۲۸۰۰ رشته دانشگاه آزاد غیرکار‌شناسی و غیرقانونی است گفت: «براساس قانون مجلس، رشته‌های دانشگاه آزاد اسلامی چنانچه مورد تایید ماده واحده تصویب رشته‌های دانشگاه آزاد قرار گیرند می‌توانند دانشجو بگیرند که این رشته‌ها تماما مورد تصویب بوده است و توسط کمیته ۳ نفره نمایندگان شورای عالی انقلاب فرهنگی به وزیر علوم ابلاغ و از سال ۹۳ تا ۹۵ نیز در این رشته‌ها پذیرش دانشجو در آن‌ها انجام شده است بنابراین حذف آن‌ها مغایر با قانون مجلس نیز هست. »
او همچنین گفت: «به نظر می‌رسد نفع این اقدام در درجه اول به دانشگاه‌های بی‌کیفیت به ویژه کشورهای منطقه می‌رسد و زمینه‌ساز خروج تعداد زیادی از علاقه‌مندان به تحصیل در این رشته‌ها را فراهم می‌کند که این مساله با منافع و مصالح دانشگاه آزاد که سیاست جذب نخبگان را در دستور کار دارد مغایر است. »
سخنگوی دانشگاه آزاد همچنین گفته است: «جای تعجب دارد که حتی رشته‌هایی که در حال حاضر در دانشگاه دانشجوی در حال تحصیل دارند نیز بدون کار‌شناسی و به صورت فله‌ای حذف شده‌اند و کنار گذاشته شده‌اند و این مساله بسیار شگفت‌انگیز است که چطور وزارت علوم توانسته است ۲۸۰۰ رشته محل را که چندین سال سابقه تدریس دارند چند روزه و بدون کار کار‌شناسی حذف کند. »
یکی از ۲۸۰۰ رشته حذف شده از دفترچه انتخاب رشته مقطع کار‌شناسی ارشد، رشته روان‌شناسی دانشگاه آزاد سمنان است. در همین رابطه رئیس شورای تخصصی آموزش و تحصیلات تکمیلی دانشگاه آزاد استان سمنان می‌گوید این رشته در حال حاضر دانشجویانی مشغول به تحصیل دارد و از طرف دیگر همین رشته در مقطع دکترا در این واحد دانشگاهی در حال ارائه است. چطور است که مقطع دکترای این رشته در همین دانشگاه مورد قبول اما یک مقطع پایین‌تر، یعنی کار‌شناسی ارشد حذف شده است؟
دکتر صالح اسکندری، عضو هیات رئیسه دانشگاه آزاد نیز درباره رشته‌های حذف شده گفته است: «تمامی استاندارد‌ها و ضوابط آموزشی لازم در واحدهای دانشگاهی آزاد برای اخذ رشته محل‌های مربوط اتخاذ شده و وضعیت استانداردهای ما به مراتب بالا‌تر از دانشگاه‌های غیر انتفاعی و پیام نور است. »
برخی نیز حذف چند هزار رشته از دفترچه انتخاب رشته دانشگاه آزاد توسط وزارت علوم را رقابت منفی وزارت علوم با موسسات آموزش عالی دیگر در ایران ارزیابی می‌کنند.
وزارت علوم نیز پس از انتقادهای زیادی که در رسانه‌های داخلی ایران نسبت به حذف رشته‌ها صورت گرفت بیانیه‌ای صادر کرد که در آن گفته شده بود در دولت تدبیر و امید طرحی برای آمایش آموزش عالی، تدوین و به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید و جهت اجرا به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ابلاغ شد که حذف این رشته‌ها در راستای اجرای آن طرح صورت گرفته است.
دانشگاه آزاد بزرگ‌ترین مجموعه آموزش عالی ایران محسوب می‌شود و آنگونه که مسئولان آن شهریور ماه سال پیش گفته‌اند بیش از یک میلیون و ۶۰۰ هزار نفر در واحدهای مختلف آن در سراسر کشور مشغول تحصیل هستند.
دانشگاه آزاد اسلامی توسط اکبر هاشمی رفسنجانی پایه گذاری شد و پس از درگذشت هاشمی رفسنجانی با حکم مستقیم رهبر جمهوری اسلامی علی اکبر ولایتی مسئولیت آن را به عهده گرفت. با روی کار آمدن علی اکبر ولایتی، حذف چهره‌های وابسته به اکبر هاشمی رفسنجانی از جمله یاسر هاشمی، فرزند اکبر هاشمی رفسنجانی از کادر مدیریتی دانشگاه آزاد اعمال شد که برخی رسانه‌ها از این روند با عنوان رفسنجانی‌زدایی از دانشگاه آزاد یاد کردند.
