یکی از اعضای کمیسیون بهداشت و درمان مجلس می‌گوید طرح تحول سلامت با چالش‌های مالی مواجه شده که علت عمده آن عملیاتی نشدن منابع پایداری‌ست که تا کنون تعریف شده است.
مرتضی خاتمی، عضو کمیسیون بهداشت و درمان مجلس، می‌گوید یکی از اعتباراتی که قرار بوده منابع مالی طرح تحول سلامت را تامین کند ده درصد از منابع هدفمندی یارانه‌ها و یک درصد از درآمد مالیات بر ارزش افزوده بوده که برای این طرح اختصاص پیدا نکرده است.
به گفته خاتمی آنچه در قانون برنامه ششم توسعه در نظر گرفته شده حرکت در مسیر نظام ارجاع و پزشک خانواده است که در این راستا راهنماهای بالینی و خرید راهبردی نیز باید مدنظر قرار گیرند.
این عضو کمیسیون بهداشت و درمان مجلس شورای اسلامی می‌گوید بیمه‌ها نیز باید در این زمینه همکاری کنند که اولا رفع هم‌پوشانی شود و ثانیا هزینه‌های اضافی حتما حذف شود که بتوانیم به سمت اهداف طرح تحول سلامت بدون چالش و با سرعت حرکت کنیم.
در همین حال قاسم جان بابایی، معاون درمان وزارت بهداشت، می‌گوید منابع سلامت کشور در اختیار بیمه‌ها قرار دارد و آنها باید مطالبات بیمارستان‌ها و مراکز درمانی را پرداخت کنند و اگر بیمه‌ها بتوانند راهنماهای بالینی را تدوین کنند، کمک بزرگی به مدیریت هزینه‌ها است زیرا بر اساس منابعِ در اختیار، راهنماهای بالینی و پروتکل‌های درمانی را تدوین می‌کنند اما در خلاء اقدام بیمه، وزارت بهداشت این اقدام بر زمین مانده را انجام می‌دهد.
او همچنین افزوده است بسته خدمات بهداشتی و درمانی برای مناطق محروم توسط وزارت بهداشت نوشته شده است و ارائه خدمات در این مناطق، از وظایف دولت است و تخصیص اعتبارات با اولویت این مناطق خواهد بود. ممکن است در مناطق برخوردار بتوان از طریق سرمایه‌گذاری داخلی و خارجی، خدمات حوزه سلامت را ارائه داد اما در مناطق محروم شاید هیچ فردی حاضر به سرمایه‌گذاری نشود بنابراین اجازه نخواهیم داد که مناطق محروم از دریافت خدمات اولیه و تخصصی، محروم شوند.
کمبود منابع مالی وزارت بهداشت برای سامان دادن به حوزه سلامت به ویژه به بودجه اختصاصی به طرح تحول سلامت همواره در سال‌های گذشته مورد بحث بوده است. در واقع بودجه‌ها در برنامه دولت به طرح‌های بهداشت و سلامت اختصاص می‌یابد اما در بسیاری موارد بودجه محقق نمی‌شود.
از سوی دیگر بسیاری معتقدند طرح تحول سلامت نتوانسته به اهداف خود دست یابد که در این میان قاضی‌زاده هاشمی، وزیر بهداشت در ابتدای صف منتقدان به این طرح ایستاده است. قاضی‌زاده هاشمی هفته جاری در مراسم تودیع و معارفه معاونت پرستاری وزارت بهداشت با اشاره به اینکه در دنیا بالاترین گردش اقتصادی پس از نفت و نظایر آن در حوزه سلامت است، گفت: «در اجرای طرح تحول، محاسبات در عمل درست در‌نیامد و خطاهایی اتفاق افتاد؛ مثلا به جای ۵ میلیون نفر ۱۱ میلیون بیمه شدند و عده‌ای از صندوق‌های خویش‌فرما مهاجرت کردند، اعتباراتی که در بودجه دیده شده بود، محقق نشد و محاسباتی که در سازمان تأمین اجتماعی و بیمه سلامت و سازمان مدیریت انجام شد، اعداد و ارقام آن درست در نیامد و تولید نفت برخلاف پیش‌بینی‌ها افزایش نیافت و قیمت آن هم به یک چهارم سقوط کرد و همه اینها باعث شد مشکلات بیشتر شود که همه این موارد به گردش اقتصاد سلامت وابسته است تا اولویت را برای ارائه خدمات و کیفیت آنها معطوف کنیم، از سوی دیگر در کشور هر گروه به فکر خودش است و نگاه‌ها بخشی است و بخشی از مشکل هم به کسانی برمی‌گردد که برای ما ارزش‌گذاری می‌کنند. در طرح تحول هدفمان کاهش زیرمیزی‌ها و پرداخت‌های غیرمتعارف بود، البته در کتاب تعرفه هم اشتباهاتی وجود داشته و دارد که باید اصلاح شود.»
طرح «تحول نظام سلامت» طرحی برای بهبود سیستم‌های سلامت ایران بود که از ۱۵ اردیبهشت ۱۳۹۳ در دولت یازدهم جمهوری اسلامی ایران در بیمارستان‌های وزارت بهداشت آغاز به کار کرد اما اکنون با گذشت بیش از سه سال از اجرایی شدن این طرح نتوانسته به همه اهداف خود دست یابد و با مشکل تامین منابع مالی نیز روبرو است.
