روزنامه جمهوری اسلامی چاپ تهران به پرداخت بودجههای هنگفت و بیحساب و کتاب دولتی به نهادهای دینی و دفاتر بعضی مراجع و مراکز تبلیغی اسلامی انتقادات شدیدی کرده است.
این روزنامه که مدیر مسوول آن مسیح مهاجری است، در سرمقاله روز شنبه، ۲۵ آذرماه، با عنوان «نگذارید روحانیت رفوزه شود» نوشته «انتشار اطلاعات مربوط به ردیف‌های بودجه نهادهایی که تحت عناوین مختلف فرهنگی بودجه می‌گیرند به ویژه آن بخش که مربوط به روحانیت و حوزه علمیه است، این روزها سوالات زیادی را در افکار عمومی به وجود آورده است. اینها سوال‌های جدیدی نیستند، از سال‌ها قبل همواره می‌پرسیدند و می‌پرسیدیم که چرا روحانیت را با وصل کردن به بودجه دولتی وابسته می‌کنید؟ ولی پاسخی نمی‌شنیدیم و یا پاسخ‌ها قانع‌کننده نبودند. حالا که ماجرا از طریق رسانه‌ها به افکار عمومی کشیده شده، باید فکری اساسی برای این موضوع کرد و نمی‌توان بی‌تفاوت از کنار آن گذشت».
این روزنامه با اشاره به اینکه روحانیت فاقد استقلال نمی‌تواند به رسالت واقعی خود عمل نماید مینویسد: «روحانیت باید مستقل باشد و برای حفظ استقلال خود نباید به بودجه دولتی وابسته باشد. مردم می‌بینند روحانیت به بودجه دولتی وابسته شده است».
در بخشی از این سرمقاله آمده «در قم و تهران و بعضی شهرهای دیگر مراکزی به بهانه کارهای فرهنگی بودجه‌هایی از دولت می‌گیرند که به هیچ وجه استحقاق آن را ندارند. این مراکز اگر نباشند و هیچ کاری انجام ندهند، هیچ اتفاقی نخواهد افتاد».
نویسنده که نامی از او برده نشده نوشته «آیا می‌دانند که خانواده‌هایی در اثر فقر، در معرض فحشا قرار دارند و از این رهگذر حتی کارهای فرهنگی ده‌ها ساله این مراکز به هدر می‌رود؟»
این روزنامه طبق سال‌های گذشته بار دیگر به موسسه «نشر آثار امام خمینی» و ساخت و سازهای مقبره خمینی و چند مرکز دیگر که زیر نظر سیدحسن خمینی اداره میشوند انتقاد کرده و نوشته «روزنامه جمهوری اسلامی چند سال قبل هشدار داد و البته مورد غضب هم واقع شد، ولی راه حل را رجوع این موسسه به مردم و قطع وابستگی به بودجه دولت می‌دانیم.»
موسسات وابسته به بیت و خانواده روح‌الله خمینی در سال ۱۳۹۷ بیش از ۱۳۰ میلیارد تومان بودجه خواهد گرفت.
