با وجود اینکه سالانه ۷۰درصد از بودجه کل کشور به شرکت‌های دولتی و وابسته به دولت تعلق می‌گیرد اما شفاف نبودن این بودجه همواره با اعتراض‌ها و انتقادهایی روبرو بوده است.
مسعود پزشکیان، نایب رئیس مجلس شورای اسلامی درباره بودجه شرکت‌های دولتی می‌گوید بودجه شرکت‌ها و سازمان‌های زیرمجموعه دولت شفاف نسیت و یکی از مشکلات در مجلس شورای اسلامی و دولت نبود سیستم داده‌ها و اطلاعات است و تا زمانی که نتوان سیستم داده‌ها را اصلاح کرد، نمی‌توان از لحاظ علمی پاسخگو و ناظر مناسبی بود.
نایب رئیس مجلس شورای اسلامی می‌افزاید: «باید زیرساختی وجود داشته باشد که ورودی و خروجی داده‌ها را رصد و سپس ارزیابی کند که این حساب و نتیجه، چه میزان با اهداف همخوانی داشته یا نداشته است.»
او درباره یکی از مشکلات مجلس شورای اسلامی در روند قانونگزاری با توجه به عدم شفافیت بودجه شرکت‌های دولتی می‌گوید: «در حال حاضر بر اساس اطلاعات موجود قانونی می‌نویسیم و سپس متوجه می‌شویم که این قانون بخشی از موضوع را پوشش نداده و تمام این مسائل به این دلیل است که سیستم و داده پایه اطلاعاتی وجود ندارد.»
پزشکیان همچنین تأکید می‌کند: «گزارش‌هایی که مرکز پژوهش‌ها و دیوان محاسبات ارائه می‌دهند مشخص می‌کند بسیاری از اهداف مصوبات به ویژه در بودجه در راستای هدف، هزینه نشده است که شرکت‌های دولتی نیز بخشی از این مشکل هستند.»
گفتنی است به اعتقاد بسیاری از کارشناسان یکی از مهم‌ترین دلایل بروز حقوق‌ها، تسهیلات و رانت‌های نجومی مدیران دولتی شفاف نبودن روند هزینه شدن بودجه دستگاه‌های دولتی و البته نبود سیستم نظارت اصولی و کارآمد در این زمینه است.
به بیان دیگر در فضای عدم شفافیت امکان بروز فسادهای مالی و اقتصادی بوجود می‌آید و در صورتی که دستگاه‌های دولتی موظف باشند نسبت به انجام وظایفشان به نهادهای نظارتی حساب پس بدهند قطعا انضباط و کارایی آنها افزایش و فرصت‌های سوءاستفاده از موقعیت و امکانات دولتی برایشان کاهش خواهد یافت.
در همین حال دولت‌هایی که یکی پس از دیگری با شعارهایی در جهت اصلاح و شفافیت اقتصادی روی کار می‌آیند نیز اقدامی برای شفاف عمل کردن در حوزه شرکت‌های دولتی انجام نمی‌دهند. حسن روحانی که از روز نخست بر شفافیت عملکرد و از بین بردن زمینه‌های بروز تخلف و فساد اقتصادی تأکید می‌کرد نیز همواره درباره شفاف نبودن بودجه سازمان‌های زیر مجموعه دولتش مورد انتقاد قرار گرفته است و ماجرای «حقوق‌های نجومی» توسط مدیران دولت او اتفاق افتاد.
جالب اینکه تعدادی از نمایندگان فراکسیون شفاف‌سازی و سالم‌سازی اقتصاد مجلس شورای اسلامی دی‌ماه سال ۹۶ در نامه‌ای به رئیس جمهور خواستار ارتقای شفافیت در لایحه بودجه ۱۳۹۷ کشور، انضباط مالی دولت و جلوگیری از افزایش بی‌رویه هزینه جاری دولت شدند.
در بخشی از این نامه آمده بود: «با افزایش روزافزون هزینه‌های دولت از یک سو و محدودیت منابع درآمدی دولت از سوی دیگر وضعیت مالی دولت در شرایط دشواری قرار دارد. اگر چه برای برون‌رفت از این وضع دشوار اقدامات مختلفی را می‌بایست در دستور کار قرار داد، ولی به نظر می‌رسد یکی از مهم‌ترین و اساسی‌ترین این اقدامات، حرکت به سمت شفاف‌سازی و انضباط مالی دولت است.»
با این وجود حسن روحانی لایحه بودجه سال ۱۳۹۷ را در حالی به مجلس شورای اسلامی ارائه کرد که از همان روز نخست عدم شفافیت بودجه سازمان‌های دولتی در آن مورد توجه کارشناسان قرار گرفت. اکنون مسعود پزشکیان نیز نسبت به عدم شفافیت بودجه سازمان‌های دولتی انتقاد کرده است؛ عدم شفافیتی که ایجاد زمینه بروز فسادهای اقتصادی و هدر رفت سرمایه کشور دو نتیجه منفی آن است.
