اعدام شهرام امیری با عنوان دانشمند انرژی هسته‌ای ایران در روز‌های پایانی هفته گذشته در بیشتر رسانه‌های مهم دنیا خبرساز شد و اخبار ضد و نقیضی در افشای راز و رمز ابعاد پیچیده و گسترده‌ای از فعالیت‌های وی در ایران و آمریکا منتشر شد. 
در این روزها بیشتر رسانه‌های خارج از ایران سعی کرده‌اند از ابعاد مرموز سفر شهرام امیری به عربستان تا همکاری‌اش با سازمان سیا در آمریکا٬ بازگشتش به ایران در میان استقبال گرم مقامات جمهوری اسلامی٬ دستگیری مخفیانه و پس از آن انتقال وی به مکانی نامعلوم و سرانجام خبر ناگهانی اعدام او رمز گشایی کنند.
از سوی دیگر مقامات قضایی جمهوری اسلامی ایران نیز او را جاسوس آمریکا خواندند و اعدام وی را تایید کردند.
غلامحسین محسنی اژه‌ای٬ سخنگوی قوه قضاییه در جمع خبرنگاران ضمن اشاره به اینکه امیری با توجه به دسترسی که به «اسرار سری» نظام داشته است با آمریکا (که اژه‌ای از این کشور به عنوان دشمن متخاصم نامبرده است) وصل بوده و اطلاعات «به کلی سری و پنهانی» ایران را در اختیار آنها قرار می‌داده است٬ گفت: «آمریکا از سیستم اطلاعاتی جمهوری اسلامی ایران رودست خورد. چرا که آمریکا‌یی‌ها تصور می‌کردند٬ جمهوری اسلامی از ارتباطات این فرد با مقامات سازمان اطلاعات آمریکا خبر ندارد.»
به گفته اژه‌ای «امیری از فرصتی که بعد از حکم در این ارتباط در اختیار او گذاشته شده بود استفاده نکرد و سعی کرد از درون زندان اطلاعاتی را به دروغ به بیرون منتقل کند».
سمت شهرام امیری پژوهشگر و متخصص رادیو‌ایزوتوپ‌های پزشکی در دانشگاه صنعتی مالک اشتر اعلام شده است اما به گفته برخی رسانه‌ها وی حتی دانشمند عالی‌رتبه نیز نبود. او در سفر حج عمره به عربستان در خرداد ۱۳۸۸ به آمریکا رفت. به عقیده مقامات جمهوری اسلامی او در عربستان ناپدید شد و بر اساس برخی از سخنان متناقض خودش٬ ربوده شد٬ اما سازمان سیا اعلام کرد وی به میل خود به آمریکا مهاجرت کرده و درخواست پناهندگی کرده بود.
حدود یک سال بعد از آن چند کلیپ ویدیویی با سخنان متناقض از امیری منتشر شد. او سرانجام ۲۲ تیر ۱۳۸۹ به دفتر حافظ منافع ایران در آمریکا رفت و سپس به ایران بازگشت. هنگام بازگشت به ایران، مقامات رسمی از جمله معاونت وقت وزارت خارجه دولت احمدی‌نژاد٬ حسن قشقاوی از او استقبال کردند. مقاماتی که در فرودگاه به استقبال امیری رفتند حلقه گل به گردن او انداختند و برخی حتی او را قهرمان هسته‌ای لقب دادند. این در حالیست که پیش از آن، علی‌اکبر صالحی به خبرگزاری فارس گفته بود امیری نه تنها دانشمند هسته‌ای نیست بلکه ارتباطی هم با سازمان انرژی اتمی ندارد.
هیلاری کلینتون، وزیر خارجه وقت آمریکا در همان روز اعلام کرد: «شهرام امیری آزادانه به آمریکا آمد و آزادانه می‌تواند از آمریکا برود».
روزنامه واشنگتن‌پست از پرداخت پنج میلیون دلار از طرف سازمان سیا به شهرام امیری خبر داد. وی چند روز پس از آزادی در گفت‌وگوی ویژه خبری شبکه دو سیما حاضر شد و به تشریح وضعیتش در آمریکا پرداخت. او حتی به خبرگزاری ایرنا گفت: «پیشنهادات مالی مقامات آمریکایی را نپذیرفته و با وجود فشار، با آنان همکاری نکرده است».
اما وی خیلی زود پس از بازگشت به ایران، بازداشت و به مدت چهارماه در زندان حشمتیه تهران نگهداری شد و در این مدت نیز به او ۲ بار اجازه ملاقات با خانواده‌اش در مکانی دیگر داده شد. خانواده امیری افشا کردند که که پس از خروج وی از سوی حکومت به اسیری گرفته شده بودند و همین امر موجب بازگشت او شده است. بعدها، خبر بازداشت او را سعید جلیلی، دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی ایران نیز تایید کرد.
در تیر ۱۳۹۱ خانواده امیری اعلام کردند که وی به جرم ارتباط با کشورهای متخاصم و ارایه اطلاعات طبقه‌بندی‌شده به آنها با حکم شعبه هفتم دادگاه نظامی تهران، به ده سال زندان و پنج سال تبعید به شهرستان خاش محکوم شده است. بعد از آن خانواده او سعی کردند با استخدام وکیل به دفاع از وی بپردازند ولی قاضی پرونده از پذیرش وکیل خودداری کرد.
در آخرین ملاقاتی که به صورت اتفاقی انجام گرفت، امیری به همسرش اعلام کرد در پادگان جی زندانی است در اواخر اردیبهشت ۱۳۹۳ گفته شد که امیری در اعتصاب غذا به سر می‌برد. در آبان ۱۳۹۴ پدر امیری گفت حدود یک‌سال است که از فرزند خود بی‌خبر است. در تاریخ ۱۶ مرداد مرداد ۱۳۹۵ و در حالی که به گفته خانواده‌اش دوران محکومیتش را می‌گذراند، رسانه‌های فارسی‌زبان خارج از ایران به نقل از خانواده‌اش خبر از اعدام ناگهانی او دادند.
مرضیه امیری٬ مادر شهرام امیری گفته یک روز قبل از اعدام پسرش با او دیدار کرده و پسرش به او خبر داده که قرار است به زودی اعدام شود٬ این در حالیست که مادر امیری هیچگونه اشاره‌ای به این مساله نکرده که چرا او قبل از اعدام پسرش سکوت کرده بود.
اما محسنی اژه‌ای با تاکید بر اینکه وی بعد از طی مراحل قانونی به مجازات رسیده است؛ سخنان خانواده امیری در مورد حکم شعبه هفتم دادگاه نظامی تهران به ده سال حبس و ۵ سال تبعید را یک دروغ از سوی اطرافیان وی قلمداد کرد و گفت: «این درست نیست٬ چنین مجازاتی برای وی درنظر گرفته نشده بود و از همان ابتدا مجازات اعدام از سوی دادگاه برای وی در نظر گرفته شده بود که این حکم در دیوان عالی کشور نیز تایید شد».
