درحالی که سیدعلی خامنه‌ای رهبر رژیم جمهوری اسلامی ارادت ویژه‌ای به سیدمجتبی نواب صفوی، رهبر گروه فداییان اسلام دارد، سیدحسن خمینی، نوهی روح‌الله خمینی در سالگرد پیروزی انقلاب گفته پدربزرگش «انقلاب را از جریان نواب صفوی جدا می‌دانست و حرکت انقلاب مبتنی بر سلاح نبود».
سیدحسن خمینی، صبح چهارشنبه بیستم بهمن‌ماه در دیدار با وزیر ارشاد رژیم و معاونین این وزارت‌خانه و گروهی از فرهنگیان که به مناسبت سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی به شرح پیشینه‌ای از انقلاب پرداخت با اعلام این سخنان تاکید کرد که انقلاب مبتنی بر مسائل فرهنگ بود نه اسلحه، ادعایی که پیش از اینها نیز جسته و گریخته مطرح شده بود، اما نه به این صراحت.
۲۱ دی ماه ۱۳۹۱حزب موئلفهی اسلامی [حامی جریان نواب و فداییان اسلام] در پاسخ به این سوال که چرا خمینی «هرگز از نواب صفوی یاد نکرد؟» در دفاع از ترور حسنعلی منصور در بیانیه‌ای اعلام کرد: «امام هنگام اعدام انقلابی منصور در عراق بودند و دسترسی به ایشان نبود. مؤتلفه اسلامی حکم اعدام انقلابی را باید از یک حاکم شرع و مجتهد مسلم می‌گرفت و آن را هم از آیت‌الله میلانی گرفتند».
در این باره روایات مختلف و بعضاً مغایر است. محی‌الدین انواری می‌گوید: «آقای صادق امانی آمد منزل ما و گفت: با اعلامیه کار درست نمی‌شود. صادق می‌گفت: نخست‌وزیر را بکشیم. گفت: از آقا بپرسید که ما مجازیم بزنیم؟ گفتم: کسی هست که بزند؟ گفت: آری، هستند جوان‌هایی که این کار را بکنند. رفتم خدمت امام. مسئله را طرح کردم که مؤتلفه می‌خواهند دست به اقدامات تند بزنند. می‌گویند دوره اعلامیه گذشته است، باید یک کاری کرد. امام اوّل یک داستان تعریف کردند. فرمودند: یکی از دوستان ما این جا آمد و اسلحه‌اش را درآورد و گذاشت جلو من و گفت: من فردا دیداری با عَلَم دارم. اگر اجازه بدهید علم را در دفترش می‌کشم[خمینی پاسخ داد] صبح مکلف هستی بروی تهران و بگویی این کار را نکنید».
در مقابل در کتاب «مجموعه آثار یادگار امام» [ج ۱ – ص ۶۶۰] به نقل از سید احمد خمینی آمده، «در قضیه اعدام نواب صفوی و سایر اعضای فداییان اسلام، امام از مرحوم آقای بروجردی و مراجع دلخور شدند که چرا موضع تندی علیه دستگاه نگرفتند و اینها را نجات ندادند. امام در این قضیه خیلی صدمه روحی خوردند […] از دیدگاه امام مبارزه روحانیون بزرگواری همچون شهید نواب صفوی روشنی بخش حیات اسلام و انقلاب راه مبارزین بود.
علاقه زیاد سیدعلی خامنه‌ای به نوابصفوی
آن روی سکه اما از معدود دفعاتی است که یکی از منسوبینِ و وارثین بیت روح‌الله خمینی، رسماً بر فاصله داشتن جریان نواب با خط مشی انقلاب دست می‌گذارد، آن هم در شرایطی که علی خامنه‌ای به شدت علاقمند به نوابصفوی است تا جایی که شیفتگی خود به او را بارها اعلام کرده است.
علی‌خامنه‌ای در گفتگویی که ۲۲ دی ۱۳۶۳ دربارهی نواب صفوی انجام داد، گفت: «نواب کسی بود که حرکتش صد درصد نشان داده می‌شد که صبغه و انگیزه‌ی دینی دارد […] این را بدانید که اگر مرحوم نواب بود و تلاش‌های آنها نبود ممکن نبود که به آن شکل بتوانند حکومت را بدهند به مصدق، دکتر مصدق در اوایل کارش به طور آشکار متکی به گروه فدائیان اسلام و مرحوم کاشانی بود».
در خاطرات خامنه‌ای، وی از اولین دیدارش با نواب نیز او به دفعات از علاقه خود به او و اینکه سهم عمدهای در انقلاب و جریان‌های ضد رژیم پهلوی داشته نوشته است:
«[…] نواب یک سفر آمد مشهد.برای اولین بار نواب را آنجا شناختیم و فکر می کنم که سال ۳۱ یا ۳۲ بود، ما شنیدیم که نواب صفوی و فداییان اسلام آمده‌اند مشهد و در مهدیه عابدزاده از اینها دعوت کرده بودند. یک جاذبه پنهانی مرا به طرف نواب می‌کشاند و بسیار علاقمند شدم که نواب را ببینم. خواستم بروم مهدیه ولی نتوانستم بروم چون مهدیه را بلد نبودم…»
«[…] سخنرانی نواب یک سخنرانی عادی نبود، بلند می‌شد و می‌ایستاد و با شعار کوبنده و با شعاری شروع به صحبت می کرد، من محو نواب شده بودم، خودم را از لابلای جمعیت به نزدیکش رسانده و جلوی نواب نشسته بودم، تمام وجودم مجذوب این مرد بود و به سخنانش گوش می‌دادم…».
«[…] من برای اولین بار این حرفها را از نواب صفوی شنیدم و آنچنان این حرفها درون من نفوذ کرد و جای گرفت که احساس می‌کردم دلم می‌خواهد همیشه با نواب باشم، این احساس را واقعاً داشتم که دوست دارم همیشه با او باشم».
طرح این مسئله در سی و هشتمین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی، آن هم در شرایطی که جریان‌های داخلی جمهوری اسلامی بیش از گذشته دچار دوقطبی و تضاد منافع هستند، نشانه‌ای دیگر از اختلاف‌های بنیادی است که حالا پس سال‌ها سر از خاک برآورده است.
