حسن روحانی، در سومین مناظره نامزدهای انتخابات ریاست‌جمهوری در ایران که روز جمعه ۲۲ اردیبهشت برگزار شد در پنج دقیقه پایانی گفته‌های خود در بخش جمع‌بندی به پرونده‌ای مرتبط با محمد باقر قالیباف، شهردار تهران اشاره کرد، که با «مردانگی» مانع از افشای آن پرونده شده بود. روحانی خطاب به قالیباف گفت: «اگر آن مردانگی را نکرده بودم هم اکنون شما اینجا ننشسته بودید».
روحانی اشاره به ماهیت پرونده قالیباف نکرد، اما تاکید کرد: «بعضی از نکات را اصلاً مایل نیستم بیان کنم اما مجبورم به ملت شریف ایران بگویم. من اگر پرونده سال ۸۴ آقای قالیباف که دست من بود و نگذاشتم پرونده بشود و دعوا کردم با بعضی‌ها در دبیرخانه که نباید کسی مطلع شود اگر آن مردانگی را نکرده بودم هم اکنون شما اینجا ننشسته بودید. طرح لوله کردن بود، می‌گفتید که بگذارید من این دانشجویان را ظرف ۲ ساعت لوله کنم اگر ما جلوی شما نمی‌ایستادیم هم اکنون همه دانشگاه‌های ما پراز لوله بود».
شنیده‌ها حکایت از آن دارد که قالیباف دورانی که فرمانده نیروی هوایی سپاه بود، هنگام خرید هواپیماهای سوخو از روس‌ها حدود ۲۰ میلیون دلار رشوه گرفته بود. سال ۱۳۸۴ احمدی نژاد قصد افشای این موضوع را داشت که روحانی مانع شد.
محمدباقر قالیباف از ۸ آبان ۱۳۷۶ تا سال ۱۳۷۹ فرماندهی نیروی هوایی سپاه بود.
اما روایت‌های دیگری هم در این باره منتشر شده از جمله آنکه در سال ۱۳۸۴، تا یک هفته مانده به انتخابات، محمدباقر قالیباف جزو پیشتازان انتخابات بود. اما به یک‌باره و با تصمیم علی خامنه‌ای محمود احمدی نژاد، جایگزین قالیباف شد. علت این جابجایی، گزارشی بود که به دفتر علی خامنه‌ای در خصوص فرمانده پیشین نیروی انتظامی رژیم رسیده بود.
محمدباقر قالیباف در آن سال رقمی نجومی را صرف هزینه‌های تبلیغاتی خود کرده بود و این شائبه و سوال پیش آمده بود که این هزینه از کجا تامین شده است.
گفته می‌شود در سال ۸۴ گزارشی از منابع مالی محمدباقر قالیباف به بیت علی‌خامنه‌ای رسیده بود و همان شد که مهندسی انتخابات به زیان قالیباف تغییر کرد.
متن گزارش حاکی از آن بود که قالیباف در دوران ریاست‌اش در ستاد مرکزی مبارزه با قاچاق کالا و ارز، توانسته بود ارتباط ویژه‌ای با قاچاقچیان اصلی و شاهرگ در این حوزه ایجاد کند و این افراد به عنوان حامی مالی قالیباف، هزینه‌های تبلیغاتی وی را تامین کرده بودند.
گویا همین گزارش بود که باعث شد قالیباف با توصیه مقام‌های رژیم از صحنه آن انتخابات حذف شده و حامیان سپاهی و امنیتی وی، به طرفداری از محمود احمدی نژاد مشغول شوند. قالیباف در مناظره دوم به نوعی از احمدی‌نژاد و دولت‌های نهم و دهم دفاع کرد اما پاسخی که از احمدی‌نژاد شنید این بود: «اینها برای کسب رای از سبد آرای ما این حرف‌ها را می‌زنند، اما خودشان هم می‌دانند که این‌کاره نیستند و فقط برای فریب مردم این حرف‌ها را می‌زنند». احمدی‌نژاد همچنین گفت: «ما به تعریف و تمجید این آقا نیازی نداریم. به قول امام اگر دشمنان شما از شما تعریف کردند به خودتان شک کنید».
«گفته می‌شود در سال ۸۴ گزارشی از منابع مالی محمدباقر قالیباف به بیت علی‌خامنه‌ای … » شوخی می کنید؟ بیت رهبری و مشکل با برادران قاچاقچی؟ نه بابا، داستان این بود که سال هشتاد و چهار قالیباف حاضر نشد که بگوید مطبوعات پایگاه دشمن هستند. بدتر از اون، اعلام کرد که من رضاخان اسلامی هستم. همین ها باعث شد که خامنه ای و بیت از او بترسند احمدی نژاد را بالا بیاورند.