پاسدار غلامحسین غیب‌پرور رییس سازمان بسیج می‌گوید در ایام انتخابات تعدادی از اعضای «سازمان مجاهدین خلق»، «سلطنت طلبان» و گروه‌های «ضدانقلاب» دستگیر شدند.
فرماندهی نیروهای بسیج، انتخابات را رخدادی مالامال از عبرت و تجربه و پندآموزی دانسته و گفته هر کسی که پای صندوق رأی آمده و به نامزد مورد نظر خود رأی داده یقیناً ابتدا رأی تمام افراد به نظام جمهوری اسلامی بوده است.
او تاکید کرده هم مشارکت مردم یک پیروزی بود و هم امنیت فوق العاده این انتخابات در یک کشور ۸۰ میلیونی یک پیروزی ارزشمند بود.
غلامحسین غیب‌پرور به اینکه دستگیرشدگان چه تعداد و در چه شهرهایی بودند یا اتهام آنان چه بوده اشاره‌ای نکرده است.
پایگاه خبری سازمان مجاهدین خلق در ایام انتخابات عکس‌ها و فیلم‌هایی منتشر می‌کرد که نشان می‌داد اعضای این گروه در بعضی شهرها اقدام به نصب پوسترها و بنرهای مریم رجوی روی دیوارها و پل‌های عابر پیاده کردند.
سوم خرداد ماه نیز حسن بیکی، نایب رییس کمیسیون امنیت ملی مجلس رژیم از دستگیری چهار گروه تروریستی که قصد داشتند در روز انتخابات ریاست جمهوری ایران (۲۹ اردیبهشت) اقداماتی انجام دهند خبر داد.
او مدعی شد: «معمولاً تلاش ما این است که اینها آزاد باشند تا بتوانیم عقبه‌ها و آنتن‌های‌شان را خوب شناسایی کنیم و مطلع شویم روابطشان در پهنه جمهوری اسلامی در کدام مناطق بیشتر است تا فعالیت‌هایشان تحت کنترل قرار گیرد».
این نماینده مجلس شورای اسلامی تاکید کرده: «از نظر امنیتی اسامی و گروه‌های آنها نباید پخش شود تا عقبه‌های‌شان را شناسایی کنیم».
بیکی همچنین با اشاره به اینکه تروریست‌ها پول خود را از عربستان یا آمریکا می‌گیرند گفته «جایگاه این تروریست‌ها گاهی در خاک سوریه و لازقیه و یا در غرب موصل است و در بخشی از مناطق پاکستان که نیروهای امنیتی این کشور نظارت ندارند نیز حضور دارند».
یک روز بعد از برگزاری انتخابات در ایران حدود ۳۰۰ نفر به اتهام تخلف در انتخابات در نقاط مختلف ایران دستگیر شدند که اتهام بعضی از آنها امنیتی بود و متهم به اخلال‌گری در انتخابات شده بودند.
