تعدادی از شاگردان و طلاب حوزه‌های علمیه و از حامیان آیت‌الله محمدرضا نکونام، مرج تقلید زندانی در اوین به خبری که خبرگزاری فارس در مورد احکام صادر شده از سوی دادگاه ویژه روحانیت برای این مرجع تقلید منتشر کرد واکنش نشان دادند.
خبرگزاری فارس وابسته به سپاه پاسداران روز شنبه ۲۵ شهریور بیانیهی دادسرای ویژه روحانیت قم را منتشر کرد که از قرار معلوم آن را از وبسایت خود حذف کرده است.
بیانیه دادسرای ویژه روحانیت قم با طرح اتهامات اخلاقی علیه محمدرضا نکونام مرجع تقلید زندانی در اوین، درباره محکومیت وی عنوان کرده بود که «به دلیل لزوم صیانت از مقام مقدس روحانیت و حفظ آبروی او از بیان جزییات آن معذوریم». همچنین در این بیانیه آمده که وی «در دادگاه بدوی به ۵ سال حبس، شلاق تعزیری و خلع لباس روحانیت محکوم شده و حکم صادره در دادگاه تجدید نظر قطعیت یافته است.»
در عین حال با وجود بیماری‌های این روحانی و چندین بار انتقال وی به بیمارستان در این بیانیه تاکید شده بود، «فضاسازی برخی سایت‌های معاند و ضدانقلاب در خصوص اتهامات و وضعیت جسمی و روحی محمدرضا نکونام به کلی تکذیب می‌شود».
به دنبال انتشار این بیانیه، گروهی از طلاب حوزه‌های علمیه و شاگردان نکونام جوابیه‌ای منتشر کرده و به شدت به خبرگزاری فارس انتقاد کردند.
در بند اول این جوابیه آمده: «دادگاه بدوی در زمستان سال ۹۳ برای آیت‌الله العظمی نکونام حکم دو سال زندان صادر کرد که به دلیل شکایت ایشان از مکارم شیرازی، در دادگاه تجدید نظر به پنج سال بدون حق واخواهی، افزایش یافت. در حال حاضر این حکم در حال اجراست و سه سال از آن سپری شده است. اما رسانه مافیای قدرت و ثروت، تیتر خبر امروز را طوری تنظیم کرده است که گویی حکم جدیدی صادر شده است.»
همچنین قید شده «رسانه سپاه، موارد محکومیت ایشان را بدون ذکر موارد اتهامی اعلام کرده است؛ چون می‌داند ذکر موارد اتهامی بنا به نص قانون، جرم محسوب می‌شود. اما مزورانه و ریاکارانه می‌گوید بخاطر حفظ آبروی روحانیت این کار را انجام داده است! تنظیم کنندگان اطلاعیه جعلی با این کار هم از مجرمیت احتمالی و پیگرد قضایی گریخته‌اند و هم سعی کرده‌اند ذهن مخاطب را برای تراشیدن هر نوع اتهامی، آزاد بگذارند تا از این راه، بطور کامل ماموریت مباهته‌ای (ترور شخصیت مخالفان، از راه تهمت‌های مختلف) خود را به انجام برسانند!»
در بند سوم جوابیه تاکید شده، «بیماری‌های مختلف آیت الله العظمی نکونام نیز در این بیانیه، تکذیب شده است؛ همانطور که دخالت آقای مکارم شیرازی! در حالیکه تصویر اسناد پزشکی ایشان و گواهی پزشکی قانونی مبنی بر سکته مغزی حاد دوطرفه؛ مانند تصویر شکایت آیت الله العظمی نکونام از آقای مکارم، بارها و بارها در رسانه‌های مستقل منتشر شده است.»
در انتهای این بیانیهی طلاب تاکید شده «در پایان از پروپاگاندای دولت تفنگ به دست (بخوانید سپاه) می‌خواهیم با انتشار تصویر اطلاعیه دادگاه ویژه، خود را از اتهام جعل اخبار، مبرا کند. پس از آن نیز از آقایان رییسی و منتظری (مسوولان دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت) می‌خواهیم با انتشار تصویر کیفرخواست و حکم صادره برای آیت‌الله العظمی نکونام، به این سوال پاسخ دهند که مسایل حوزه و روحانیت، چگونه از رسانه نظامیان سر برمی‌آورد و چگونه است که پرونده آیت‌الله العظمی نکونام، مانند سایر پرونده‌های سیاسی- اعتقادی برای سپاه جذابیت پیدا کرده است؟ تا جایی‌که خبر امروز را هم گروه سیاسی خبرگزاری سپاه، منتشر می‌کند! (بخوانید #نفوذ_در_قوه_قضائیه) مگر اینکه خود این آقایان هم در واقع گماشته همان نظامیان باشند و نتوانند مستقلاً چیزی بیان کنند.»
آیت‌الله محمدرضا نکونام در سال ۱۳۹۳ بازداشت و در پایان همان سال گویا به دلیل سکته مغزی از زندان آزاد شد. بعضی از نزدیکان او علت بازداشت وی را انتقاد از فتوای ناصر مکارم شیرازی درباره حرام بودن اینترنت پرسرعت می‌دانند. وی در فروردین ۹۴ به دلیل انتشار مطلبی در روزنامه «قانون» دوباره دستگیر و بدون شاکی خصوصی در یک دادگاه غیرعلنی به دو سال حبس محکوم شد که بعدا به علت شکایت دادستانی به پنج سال افزایش پیدا کرد.
