برخلاف مشاور رئیس جمهور که معتقد است واردات کالا در مناطق آزاد «زیر کلید گمرک» انجام می‌شود، نمایندگان مجلس شورای اسلامی «قاچاق قانونی» از مناطق آزاد را مهم‌ترین چالش این مناطق ارزیابی می‌کنند.
علی‌اکبر کریمی، نائب رئیس کمیسیون اقتصادی مجلس، در این باره گفته است: «کالا وارد این مناطق شده در انبارهای متفاوت دپو می‌شود و به تدریج از این مناطق به طرق مختلف چه از مبادی اصلی و چه از طریق مبادی غیررسمی و غیرقانونی کالا وارد سرزمین اصلی می‌شود.»
مرتضی بانک، رئیس دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و وِیژه اقتصادی، در این خصوص معتقد است فعالیت‌های تجاری غیرقانونی در مناطق آزاد مبنای دقیقی ندارد چون وارداتی که به مناطق آزاد صورت می‌گیرد بر اساس مجوزهای مشخص است و خروج کالا زیر نظر گمرک انجام می‌شود. رقمی حدود ۳ میلیارد دلار از کل حجم واردات کشور توسط مناطق آزاد وارد کشور می‌شود و تمام این ۳ میلیارد دلار زیر کلید گمرک است.
اکنون علی‌اکبر کریمی می‌گوید در طرح قانون مبارزه کالا و ارز که مراحل آخر تدوینش در مجلس شورای اسلامی را سپری می‌کند قوانین سختگیرانه‌ای برای قاچاق کالا پیش‌بینی شده است: «به دنبال آن هستیم که کالاهایی که از مبادی رسمی به واسطه جعل اسناد وارد کشور شده قاچاق تلقی شود و برخوردهای قانونی لازم با واردکنندگان کالای قاچاق صورت خواهد گیرد.»
این در حالیست که برخی گزارش‌ها نشان می‌دهد کالای کامل از کشورهای شرق آسیا مانند چین وارد این مناطق شده و بدون کمترین عملیات کاری فقط با تغییر بسته‌بندی، محصول نهایی با کمترین حجم اشتغالزایی وارد کشور می‌شود. به این ترتیب با استفاده از معافیت‌های مناطق آزاد عملا قاچاق قانونی کالا به کشور انجام می‌شود.
محمد حسینی، دیگر عضو کمیسیون برنامه و بودجه نیز در این باره می‌گوید: «گمرکات خاصی در این مناطق وجود نداشته و کالای کامل وارد کارخانه‌هایی می‌شود بدون آنکه تغییرات خاصی روی آن اعمال شود. فقط کارتن جنس تغییر پیدا کرده، عنوان شرکتی که در منطقه آزاد فعالیت دارد روی کارتن ثبت شده و از معافیت‌هایی که در مناطق آزاد تعیین شده استفاده می‌کنند به طوری که اگر بررسی در خصوص میزان کالایی که از مناطق آزاد وارد بازارهای کشور می‌شود صورت گیرد مشخص می‌شود به نسبت کمیت کارگری و اشتغال در مناطق آزاد بسیار متفاوت می‌باشد.»
رئیس دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد هم می‌گوید در مناطق آزاد کالایی تولید می‌شود و بخشی که از مواد اولیه داخلی و خارجی استفاده می‌شود شامل مقررات گمرکی می‌شود. کمیسیون ارزش افزوده در مناطق آزاد که در تهران مستقر می‌باشد میزان عملیات کاری را بررسی کرده و نحوه ورود و میزان معافیت‌ها و عوارض پرداختی را محاسبه می‌کند.
اما علی‌اکبر کریمی می‌گوید باید هنگام ورود کالا از مناطق آزاد به داخل کشور کنترل‌های گمرکی لازم صورت گیرد و محصور کردن این مناطق نیز در دستور کار قرار گیرد. کریمی می‌افزاید در صورت امکان باید مناطق آزاد در مناطقی تثبیت شوند که امکان ورود و خروج کالا در آن وجود داشته باشد تا برخلاف تمام مزیت‌هایی که مناطق آزاد دارند شاهد این حجم از ابهامات قاچاق کالا در این مناطق نباشیم.
