حجت‌الاسلام حسن روحانى در نخستین سال حضور در دفتر ریاست جمهورى اسلامی چنان از لزوم باز شدن فضاى سیاسى در دانشگاه‌هاى ایران و آزاد گذاردن دانشجویان براى اظهار نظر و انتقاد از سازمان‌ها و مسئولان حکومت صحبت مى‌کرد که گمان مى‌رفت قبلا على خامنه‌اى را قانع کرده که ادامه بگیر و ببند در محیط‌هاى آموزش عالى، بازداشت و اخراج دانشجویان و محروم ساختن آنها از ادامه تحصیل در طولانى‌مدت، احتمالا به برپایى تظاهرات و آشوب و نهایتا فروپاشى جمهورى اسلامى منجر خواهد شد تا ادامه حیات و بقاى آن!
او در آن مدت بارها از دستگاه‌هاى امنیتى و رؤساى بى‌اختیار دانشگاه‌ها انتقاد کرد و خواستار خروج نمایندگان ولى فقیه و ماموران وابسته به سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، پلیس و وزارت اطلاعات و دستگاه‌های امنیتی از دانشگاه‌ها شد و سخن از لزوم آزاد بودن دانشجویان براى انتقاد از حکومت و توقف بازداشت، اسارت و اخراج آنها از دانشگاه گفت و از دستگاه‌هاى مسئول گله کرد.
اما ناگهان خامنه‌اى نگران از استفاده مردم ناراضى و جان بر لب رسیده از اجراى دستور روحانى و ریختن آنها به خیابان‌ها همراه دانشجویان به رئیس دولت خود اعلام جنگ داد و چند بار در عرض یک هفته تأکید کرد: دانشگاه، تنها محل تحصیل و تحقیق است نه فعالیت‌هاى سیاسى و دخالت در امور مملکت.
انتقادات مداوم و سرزنش‌آمیز ولى فقیه تا مدتى همچنان در واکنش به نظرات روحانى ادامه داشت که قطعا خواسته سران سپاه پاسداران و مشاوران او نیز بود و رفته رفته باعث شد شعار دادن درباره اینکه دانشجویان باید بتوانند آزادانه نظرات و ایراداتشان را نسبت به دستگاه‌ها و مقامات رژیم بطور علنى بیان کنند، متوقف شد.
روز دوشنبه ۱۴ تیر حجت‌الاسلام مصطفى رستمى رئیس نهاد رهبری رژیم در دانشگاه‌ها از خامنه‌اى نقل قول کرد که اسلامى شدن دانشگاه‌ها روى دست رژیم مانده و تمامى تلاش‌ها در این رابطه در چهل و سه سال گذشته بى‌نتیجه مانده است.
رستمى به اعضاى کمیسیون فرهنگى مجلس شوراى اسلامى گفت: تلاش‌هاى چهل و سه ساله جمهورى اسلامى براى اسلامى کردن دانشگاه‌ها به نتیجه مورد نظر نرسید.
او اضافه کرد: بعد از انقلاب سعى بر این بود تا نمادهاى طاغوت وابسته به غرب در دانشگاه‌ها اصلاح شود. البته در محتوا تغییراتى به وجود آمد و در دانشگاه‌ها به نوعى شاهد انقلاب فرهنگى بودیم و برخى استادان وابسته به ساواک و دربار تصفیه شدند! بعضى رشته‌ها حذف شد، تغییراتى در متون درسى ایجاد گردید، دروس معارف اسلامى به درس‌هاى آموزش عالى اضافه شد و روحانیت در دانشگاه‌ها حضور یافت!
وى تأکید کرد اما واقعیت آن است که از تغییرات بنیادى در دانشگاه‌ها خبرى نشد و به همین خاطر رهبر حکومت اسلامى به صراحت اذعان کرده‌اند اسلامى شدن دانشگاه‌ها مسئله‌اى است که روى دست نظام مانده است و باید گفت که متاسفانه در دو حوزه آموزش و پژوهش، دانشگاه‌هاى ایران مانند کشورهاى غربى، هیچ نقش و ماموریتى در رابطه با تربیت مؤمنانه ندارند و به عقیده ما دانشگاه‌ها ماموریت دارند افراد سکولار تربیت کنند و باید با جدیت در این مورد تصمیم‌گیرى شود.
رئیس نهاد خامنه‌اى در دانشگاه‌ها مثل دیگر مقامات رژیم که فکر و ذکرشان روابط دختر و پسر و «ازدواج» و «فرزندآوری» برای «حکومت اسلامی» است یادآور شده: مهم‌ترین دستاورد در زمینه دینى شدن دانشگاه‌ها را مى‌توان ازدواج‌هاى دانشجویى دانست که آنهم با پول رهبرى سرپا مانده است!
یادآوری می‌شود که با روی کار آمدن خمینی و رژیم جمهوری اسلامی، ادارات و دانشگاه‌ها با پاکسازی‌های گسترده روبرو شدند و به دستور خمینی برای اسلامی کردن دانشگاه‌ها، مراکز آموزش عالی کشور از سال ۵۹ تا بیش از سه سال تعطیل ماندند تا هم دانشجویان و استادان و کارمندان «غیراسلامی» اخراج شوند و هم محتوای برنامه و کتاب‌ها و جزوه‌های آموزشی با افزودن معارف اسلامی تغییر کند. در همین ارتباط بسیاری از رشته‌ها حذف و دختران نیز در تحصیل از رشته‌های معینی محروم شدند. همزمان با حضور آخوندها در دانشگاه‌های کشور، حکومت اسلامی سهمیه‌هایی نیز برای نهادهای وابسته به خود در نظر گرفت تا نسل‌های بعدی دانش‌آموختگان از معتقدان و مؤمنان جمهوری اسلامی باشند! اما با وجود همه این فشارها و تغییرات، «دانشگاه» در جمهوری اسلامی نه تنها هرگز «اسلامی» نشد بلکه جامعه بطور کلی از مهد کودک و دبستان و دبیرستان تا دانشگاه و محل کار، در خانه و کوچه و خیابان، راه خود را در پیش گرفت اگرچه مجبور به تحمل قوانین تحمیلی رژیم است. اعتراف خامنه‌ای به اینکه اسلامی کردن دانشگاه‌ها به جایی نرسیده درواقع اعتراف به شکست در برابر رشد جامعه‌ایست که رژیم خمینی و خامنه‌ای را نمی‌خواهد.
