بحث و ابهام و گمانه‌زنی درباره با علت سقوط هلی‌کوپتر حامل ابراهیم رئیسی و همراهان وی در کوهستان‌های جنگل ارسباران در شمال استان آذربایجان شرقی به یکی از مهم‌ترین موضوعات میان مسئولان جمهوری اسلامی و رسانه‌های داخلی تبدیل شده است.
روزنامه «جمهوری اسلامی» چاپ تهران روز پنجشنبه سوم خرداد در مطلبی با عنوان «مسامحه جایز نیست» نوشت، «یکی از نکاتی که احتمال توطئه بودن ماجرای بالگرد حامل رئیس جمهور رئیسی و همراهان را پررنگ می‌کند محل وقوع حادثه است. این حادثه در نزدیکی مرز کشورمان با جمهوری آذربایجان رخ داده که رژیم صهیونیستی امکانات اطلاعاتی، مخابراتی و نظامی زیادی در آن مستقر کرده است. استقرار این امکانات در جدار مرزی جمهوری آذربایجان، امکان انجام هر توطئه‌ای در منطقه مرزی داخل کشورمان را به رژیم صهیونیستی می‌دهد. اینکه از سه بالگرد ایرانی در حال بازگشت از منطقه مرزی به سوی تبریز فقط بالگرد حامل رئیس جمهور دچار این حادثه شده، ضمن اینکه می‌تواند مرتبط بودن حادثه با عوامل جوی را منتفی کند، احتمال توطئه بودن را تقویت می‌کند.»
در بخشی از این مطلب آمده «هرچند اخبار اولیه در روز وقوع حادثه حکایت از نقش داشتن عوامل جوی در آن داشت ولی به تدریج گمانه‌زنی‌ها به سوی توطئه بودن متمایل شدند بطوری که رئیس ستاد کل نیروهای مسلح ایران گروهی را مأمور بررسی حادثه کرد تا چگونگی آن را روشن کند.»
در بخش پایانی این مطلب نیز بر سه نکته تأکید شده است، «اول اینکه این حادثه نشان داد تدبیرکنندگان امور سفر رئیس جمهور دچار ضعف اساسی بودند و نکات ایمنی زیادی را مورد توجه قرار ندادند. دوم اینکه ناوبری ما ضعیف است و اگر حادثه بالگرد حامل رئیس جمهور ناشی از توطئه بوده باشد، این ضعف نیز در به وقوع پیوستن آن سهیم بوده است. و سوم اینکه در بخش تأمین امنیت در برابر توطئه‌های خارجی دچار ضعف شدید هستیم.»
روزنامه «هم‌میهن» نیز در مقاله‌ای با عنوان «ضعف‌های ادامه‌دار» می‌نویسد، «اطلاع‌رسانی درباره سقوط هلی‌کوپتر نادرست و ابهام‌آمیز است هیچ توضیحی داده نمی‌شود که چرا مدعی هستند که وضع آب و هوا خوب بوده و هیچ مشکل و ممنوعیتی برای پرواز نبوده است؟ یا توضیح نمی‌دهند که چرا این سفر هوایی مطابق معمول از پارس‌آباد مغان انجام نشده است، که اصولاً نیازی به این مسیر اضافه با بالگرد نباشد؟»
با توجه به سوابق جمهوری اسلامی در پنهانکاری، شک و شبهه در مورد علت سقوط هلی‌کوپتر حامل رئیسی بسیار زیاد است. به ویژه آنکه مقامات نظام هر یک روایت‌های ضد و نقیض در مورد آنچه در روز سانحه گذشت عنوان می‌کنند.
حسام‌الدین آشنا مشاور پیشین حسن روحانی خطاب به مسئولان نظام نوشت، «شما را به حرمت همه شهیدان سوگند می‌دهیم که در بررسی حادثه بالگرد، از هیچ احتمالی به سادگی نگذرید.»
علی ربیعی مشهور به «عباد» عضو سابق وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی نیز در یادداشتی تأکید کرد «مسائل فنی و خبرهای متناقضی که منتشر شد، نیازمند بحث‌های کارشناسی دقیق است.»
پیش از این محمد آقامیری عضو شورای اسلامی شهر تهران روز سه‌شنبه اول خرداد در جلسه این شورا گفته بود، «گزارش و صحبت‌هایی شده که ممکن است این حادثه صرفاً سانحه به خاطر آب و هوا نباشد و مسائل دیگری در کار باشد. دستگاه‌های امنیتی با دقت بررسی کنند.»
اشاره روزنامه «جمهوری اسلامی» به ضعف ناوبری در حالیست که پیشتر یک «منبع مطلع»به کیهان لندن گفته بود احتمال اینکه سیستم ناوبری الکترونیک هلی‌کوپتر رئیسی و امیرعبداللهیان دچار نقص فنی شده و یا در آن اختلال ایجاد شده باشد وجود دارد. انواع پارازیت و سیگنال‌های مخرّب، جمینگ و جمر یا مختل‌کننده سیگنال ردیاب GPS می‌تواند از عوامل ایجاد این اختلال‌ها باشد.
