نماینده جمهوری اسلامی ایران در سازمان ملل در نامه‌ای به شورای امنیت، حضور اعضای القاعده را در ایران رد کرد.
دفتر مدیریت سازمان اطلاعات ملی ایالات متحده در گزارش سالانه‌ی خود که ۲۵ مارس ۲۰۲۵ (پنجم فروردین‌ماه) منتشر شد، اعلام کرد گروه تروریستی القاعده در ایران، سومالی و سوریه فعال است.
در گزارش سازمان اطلاعات ملی آمریکا آمده است که القاعده همچنان به دنبال ضربه زدن به ایالات متحده و شهروندان آن در کشورهای متحد آمریکاست. رهبران القاعده که شماری از آنها در ایران مانده‌اند، تلاش می‌کنند تا از جوّ ضداسرائیلی در ارتباط با جنگ غزه بهره‌برداری کرده و با متحد کردن مسلمانان آنها را به تحرکاتی علیه اسرائیل و ایالات متحده فرا بخوانند.»
در بخش دیگری از این گزارش باز هم به حضور سران القاعده در ایران اشاره شده است: «حراس‌الدین شاخه القاعده در سوریه که احتمالا از سقوط رژیم اسد برای تقویت موقعیت خود استفاده می‌کند، با اینکه اعلام شده که رهبران ارشد القاعده در ایران دستور انحلال این گروه را صادر کرده‌اند اما به اعضای حراس‌الدین توصیه شده که نه تنها سلاح‌های خود را تحویل ندهند بلکه برای درگیری‌های آینده آماده شوند.»
با اینهمه امیرسعید ایروانی نماینده جمهوری اسلامی در سازمان ملل ششم فروردین ۱۴۰۴ در نامه‌ای به شورای امنیت ادعا کرد حضور القاعده در ایران «بی‌اساس، مغرضانه و فاقد هرگونه مدرک مستند» است و چنین اتهاماتی تنها بر مبنای ادعاهای یک کشور خاص و بدون ارائه شواهد مطرح شده‌اند.
در این نامه همچنین ادعا شده است که سوابق جمهوری اسلامی در مبارزه میدانی با گروه‌های تروریستی همچون داعش و القاعده نشان می‌دهد که هیچگاه پناهگاهی برای تروریست‌ها نبوده است.
با وجود این ادعا اما اعضای ارشد القاعده و همچنین گفته می‌شود شماری از اعضای خانواده بن لادن پس از ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ و حمله آمریکا به افغانستان به دامان جمهوری اسلامی پناه برده و در ایران مخفی شده بودند.
جمهوری اسلامی و گزارش سالانه‌ی سازمان‌‌های اطلاعاتی آمریکا درباره تهدیدات جهانی علیه ایالات متحده
نارضایتی قاسم سلیمانی از بازداشت اعضای القاعده
اکبر هاشمی رفسنجانی در کتاب خاطرات خود (مربوط به روز ۲۹ بهمن‌ماه سال ۱۳۸۰) درباره دیدارش با قاسم سلیمانی فرمانده سابق سپاه قدس که در حمله پهپادی آمریکا در دی‌ماه ۱۳۹۸ در بغداد کشته شد، نوشته بود: «عصر سردار [قاسم] سلیمانی، آمد. به تازگی از لبنان برگشته است. گفت، بحمدالله کشتی حامل کمک‌ها برای حزب‌الله به مقصد رسیده و خیلی نگران این بوده… از برخورد با [گلبدین] حکمتیار، [رهبر حزب اسلامی افغانستان] و نیز اعلام بازداشت فراریان القاعده در ایران، ناراحت است و می‌گوید، کریم خلیلی [رهبر حزب وحدت اسلامی] تسلیم آمریکا شده و بقیه سران مجاهدان، مواضع بدی ندارند. از مواضع [محسن] امین‌زاده، [معاون آسیا و اقیانوسیه وزارت امورخارجه] خشمگین است.»
الزرقاوى، سیف العدل و دیگر رهبران القاعده در ایران؛ در دیدار قاسم سلیمانى و اسامه بن لادن چه گذشت؟
پیشینه‌ی پناه بردن تروریست‌ها به جمهوری اسلامی نشان می‌دهد که علاوه بر رهبران ارشد، برخی نیروهای میانی القاعده نیز به همراه خانواده‌های خود در ایران مخفی هستند و در تأمین تسلیحات برای گروه‌های شبه‌نظامی از جمله حوثی‌ها با سپاه پاسداران همکاری دارند.
در شرایطی که رژیم حضور اعضای القاعده در ایران را تکذیب می‌کند، آبان‌ماه ۱۳۹۹، «عبدالله احمد عبدالله» ملقب به «ابو محمد مصری» فرد دوم القاعده در یکی از خیابان‌های تهران ترور شد.
در همین ارتباط روزنامه «نیویورک تایمز» گزارش داده بود که کشته شدن ابومحمد مصری توسط «کیدون» [به معنای سرنیزه] یکی از واحدهای مخفی «موساد» که گفته می‌شود مسئول ترور افراد و مهره‌های سطح بالاست انجام شده است. این ترور زمانی انجام شد که دونالد ترامپ دور اول ریاست جمهوری خود را در کاخ سفید می‌گذراند.
وزارت خارجه دولت بایدن نیز آذرماه ۱۴۰۰ گزارش داد که رژیم جمهورى اسلامى به رهبران القاعده و داعش در خاک ایران پناه داده است.
