کمتر از سه ماه پس از ترور محمد مقیسه و علی رازینی دو حاکم شرع دادگاه‌های انقلاب اسلامی و دیوان عالی در کاخ دادگستری، رئیس قوه قضائیه جمهوری اسلامی مرگ حسینعلی نیری مشاور قوه‌قضائیه و قاضی اعدام‌های تابستان ۱۳۶۷ را تسلیت گفت.
خبر مرگ نیری رسانه‌ای نشد بلکه روز پنجشنبه ۱۴ فروردین‌ماه با پیام تسلیت غلامعلی محسنی‌اژه‌ای رئیس دستگاه قضایی جمهوری اسلامی به خانواده او مشخص شد که این قاضی مُرده است.
در پیام اژه‌ای ادعا شد، «نیری مدت قابل توجهی را در بستر بیماری و کسالت گذراند.»
حسینعلی نیری یکی از چهار چهره اصلی گروه موسوم به «هیئت مرگ» بود؛ هیئتی که مرتضی اشراقی، ابراهیم رئیسی و مصطفی پورمحمدی دیگر اعضای مسئول صدور حکم بسیاری از مخالفان و منتقدان سیاسی جمهوری اسلامی در اواخر دهه ۶۰ خورشیدی بودند.
در جریان تیراندازی در کاخ دادگستری تهران که ۲۸ دی‌ماه ۱۴۰۳ اتفاق افتاد مقیسه و رازینی کشته شدند. همان وقت رسانه‌های حکومتی گزارش دادند نیری هم در بین کشته‌شدگان بود اما این خبر تکذیب شد. برخی منابع غیررسمی گزارش دادند که نیری در آن تیراندازی زخمی شد اما درستی و نادرستی آن مشخص نشد.
همچنین اعلام شد که ضارب که یکی از کارمندان حفاظت قوه قضائیه بود خودکشی کرد. چند روز بعد ادعا شد او با سازمان مجاهدین خلق ارتباط داشت اما برخی دیگر از منابع مدعی شدند عوامل اسرائیل پشت ترور مقیسه و رازینی قرار داشتند.
