معاون فنی و عمرانی شهردار تهران گفته است ۷۰ درصد قراردادهای عمرانی شهرداری با قرارگاه خاتم الانبیا است و شهرداری بابت بخشی از پروژه‌ها به این قرارگاه بدهکار است. معمولا بازپرداخت بدهی‌های شهرداری به صورت واگذاری زمین و املاک، ارائه تراکم و اجازه تغییر کاربری انجام می‌شود.
پرویز حناچی، معاون فنی و عمرانی شهردار تهران، گفته است: «۷۰ درصد قراردادهای عمرانی شهرداری با قرارگاه خاتم‌الانبیا است و این قرارگاه مطالباتی از شهرداری داشته که شهرداری نتوانسته آنها را به راحتی تامین کند و بخشی از آن به شکل غیرنقدی پرداخت شده است.»
به گزارش وب‌سایت میدان حناچی توضیحی درباره چگونگی پرداخت‌های نقدی نداده اما در دوره‌های پیشین این پرداخت‌ها از راه تهاتر زمین، واگذاری املاک، ارائه تراکم، اجازه تغییر کاربری و پروانه ساخت انجام می‌شد که به نظر نمی‌رسد در این دوره هم شهرداری روش دیگری انتخاب کرده باشد.
مصلای امام خمینی، پل‌صدر، تونل نیایش، پل طبیعت، پل جناح، پل سئول، دارالقرآن و کاروانسرای سنگی از جمله پروژه‌های این قرارگاه در تهران است.
به گزارش میدان، اغلب پروژه‌های شهرداری تهران در زمان مدیریت محمدباقر قالیباف با همکاری قرارگاه خاتم‌الانبیا انجام می‌شد و پنج سال پیش هم شهرداری تهران تفاهم‌نامه‌ای با قرارگاه خاتم‌الانبیا امضا کرد تا این قرارگاه در مدت چهار سال به اندازه ۲۰ هزار میلیارد تومان پروژه شهری اجرا کند. از جمله پروژه‌های عظیمی که قرارگاه خاتم مجری آنها بوده بزرگراه طبقاتی صدر است که بیش از پنج هزار میلیارد تومان هزینه داشته است.
محمود میرلوحی، عضو شورای شهر تهران، هم پیش‌تر گفته بود همکاری شهرداری تهران با سپاه و قرارگاه خاتم در آینده و در بخش‌هایی که لازم باشد ادامه خواهد داشت.
وی گفته بود که شهرداری به عنوان مثال یک مجتمع تجاری به جای بدهی خود به این قرارگاه داده است.
حسن روحانی در شعارهای انتخاباتی از «دولت بی‌سلاح» گفته بود اما همچنان قرارگاه خاتم‌الانبیا بزرگترین و قدرتمندترین بنگاه اقتصادی ایران است که اغلب پروژه‌های بزرگ را به دست گرفته است.
شهرداری‌ها اغلب ترجیح می‌دهند به جای استفاده از پیمانکاران خصوصی که توان مالی کمتری دارند با قرارگاه خاتم وارد همکاری شوند چرا که این قرارگاه آنقدر ثروتمند است که در صورت پرداخت‌نشدنِ به موقع مطالباتش هم پروژه‌ها را به پایان می‌رساند و در عوض از مواهب دیرکرد مطالباتش در قالب استفاده از موقعیت‌های استثنایی در شهر استفاده می‌کند.
