آیت‌الله احمدی شاهرودی عضو مجلس خبرگان رهبری در نامه‌ای خطاب به علی‌اکبر ولایتی نوشته است: «خداوند انشاالله عاقبت دانشگاه آزاد اسلامی را با این اوضاع و احوال، ختم به خیر کند. گر چه امیدی نیست و از همین الان، شواهد و نشانه‌های افول و ورشکستگی این دانشگاه به خوبی مشهود و ملموس است.»
در پی پاکسازی دانشگاه آزاد اسلامی از نیروهای اصلاح‌طلب و نزدیک به علی‌اکبر هاشمی‌رفسنجانی، آیت‌الله احمدی شاهرودی عضو مجلس خبرگان رهبری که بی‌اطلاع از عضویت در هیات امنای این دانشگاه برکنار شده، در نامه‌ای خطاب به علی‌اکبر ولایتی (رئیس هیات امنای دانشگاه آزاد اسلامی)از حذف خود انتقاد کرده است.
وی نوشته که از طریق اینترنت از حذف عضویت خود و جایگزین شدن شخص دیگری به جایش، در هیات امنای مرکزی دانشگاه آزاد اسلامی خوزستان مطلع شده و این اتفاق برای دکتر همایون یوسفی هم اتفاق افتاده است.
احمدی شاهرودی با اشاره به دیدار با ولایتی در حاشیه یک مراسم ختم نوشته که «تذکرا عرض کردم در این گونه موارد که هیات امنایی حذف می‌شود شایسته است حداقل تشکر خشک و خالی از او به عمل آورید تا مردم استان به ویژه دانشگاهیان عزیر خیال نکنند که شخص به خاطر مشکلات اخلاقی یا مالی حذف شده و بدانند که حذف او صرفا به خاطر تصفیه حساب‌های سیاسی می‌باشد. حضرت عالی فرمودید از این عزل و نصب‌ها در هیات امنا خبر ندارم. عرض کردم بدتر!!! یاللعجب چگونه است شما به عنوان رئیس هیات امنای مرکزی از عزل و نصب‌های زیر مجموعه خودتان مطلع نیستید.»
این عضو سابق هیات امنای دانشگاه آزاد اسلامی خوزستان نوشته است: «باید گفت و علی السلام السلام… که دانشگاه آزاد اسلامی با این عریض و طویلی، از باب قحط الرجال، گرفتار شخصی شده که بر اثر کسالت و بیماری یا کثرت اشتغالات و تصدی ده‌ها مسئولیت دیگر، از آنچه که در زیر مجموعه مستقیم خودش صورت می‌گیرد، خبر ندارد.»
احمدی‌شاهرودی همچنین نوشته است: «خداوند انشاالله عاقبت دانشگاه آزاد اسلامی را با این اوضاع و احوال، ختم به خیر کند. گر چه امیدی نیست و از همین الان، شواهد و نشانه‌های افول و ورشکستگی این دانشگاه به خوبی مشهود و ملموس است.»
