سازمان انرژی اتمی جمهوری اسلامی اظهارات علی مطهری نماینده پیشین مجلس شورای اسلامی در مورد فعالیت‌های اتمی نظامی جمهوری اسلامی و اقدام برای ساخت بمب اتم را تکذیب کرد.
علی مطهری عضو پیشین هیأت رئیسه مجلس شورای اسلامی در مصاحبه با باشگاه خبرنگاران دانشجویی ایران (ایسکا) که یکشنبه ۲۴ اردیبهشت منتشر شد گفت «از همان ابتدا که وارد فعالیت هسته‌ای شدیم هدفمان ساخت بمب و تقویت قوای بازدارنده بود، اما نتوانستیم محرمانه بودن این مسئله را حفظ کنیم و گزارش‌های محرمانه از سوی مجاهدین خلق آن را افشا کرد.»
پایگاه خبری «نور نیوز» وابسته به شورای عالی امنیت ملّی جمهوری اسلامی دوشنبه ۲۵ اردیبهشت به نقل از یک «منبع مطلع» در سازمان انرژی اتمی با تکذیب اظهارات مطهری ادعا کرد «برنامه صلح‌آمیز هسته‌ای جمهوری اسلامی ایران هیچگاه جهت‌گیری نظامی نداشته و اظهارات افراد غیرمسئول در این زمینه ناشی از بی‌اطلاعی و یا رویکرد سیاسی خاص آنها است.»
او افزود: «وارد کردن اتهام پنهانکاری در فعالیت‌های هسته‌ای به کشورمان اقدامی است که از سال‌ها قبل دشمن برای محدودسازی برنامه صلح‌آمیز اتمی کشورمان دنبال کرده و هرگز موفق به اثبات آن نشده است.»
مطهری همچنین گفته است «اگر ما هم مانند پاکستان می‌توانستیم بطور محرمانه بمب بسازیم و آزمایش کنیم بسیار بازدارنده بود. کشورهای دیگر روی توان هسته‌ای حساب باز می‌کنند، لذا معتقدم وقتی کاری را شروع کردیم باید تا آخرش می‌رفتیم.»
این سخنان مطهری و تکذیب سازمان انرژی اتمی و عصبانیت وابستگان جمهوری اسلامی در حالیست که در «نامه محرمانه» خمینی که در تابستان ۶۷ به مقامات نظام نوشته تا توضیح دهد که چرا «جام زهر» را می‌نوشد و قطعنامه ۵۹۸ مبنی بر آتش‌بس در جنگ با عراق را می‌پذیرد، ابراز امیدواری شده «بعد از پایان سال ۷۱ اگر ما دارای ۳۵۰ تیپ پیاده و ۲۵۰۰ تانک و ۳۰۰۰ توپ و ۳۰۰هواپیمای جنگی و ۳۰۰ هلیکوپتر و قدرت ساختن مقدار قابل توجهی از سلاح‌های لیزر و اتم- که از ضرورت‌های جنگ در آن موقع است- داشته باشیم می‌توان گفت به امید خدا بتوانیم عملیات آفندی داشته باشیم.» این نامه نخستین‌بار در اوایل دهه هشتاد خورشیدی در رسانه‌ها منتشر شد و پس از انتشار، رسانه‌های حکومتی دو کلمه «لیزر و اتم» را از آن حذف کردند و بعدا هم این بخش از استدلال خمینی به «نامه محرمانه» محسن رضایی فرمانده وقت سپاه پاسداران انقلاب اسلامی به رهبر جمهوری اسلامی ربط داده شد. حال آنکه به هر حال خمینی در نامه محرمانه خود، ناتوانی موجود و رویگردانی مردم از جنگ و جبهه‌ها را دلیل نوشیدن جام زهر عنوان می‌کند با این امید که بتوان به «سلاح‌های لیزر و اتم» دست یافت تا شعارهای «جنگ جنگ تا پیروزی» و «راه قدس از کربلا می‌گذرد» را تحقق بخشید!
برای اولین بار سازمان مجاهدین در سال ۱۳۸۱ در دولت محمد خاتمی فعالیت غنی‌سازی اورانیوم در نطنز و تأسیسات آب سنگین اراک را افشا کرد و از همان زمان گفتگوهای مربوط به مذاکرات هسته‌ای با هدف مهار رژیم ایران جریان دارد و تا امروز به جایی نرسیده است.
در این میان، تلاش برای دستیابی به سلاح اتمی از سوی جمهوری اسلامی نه فقط راهبردی برای حفظ نظام در برابر تهدیدات است بلکه از دیدگاه جمهوری اسلامی، پشتوانه‌ای برای شبه‌نظامیان وابسته در منطقه نیز به شمار می‌رود. در همین ارتباط فریدون عباسی‌دوانی عضو کمیسیون انرژی مجلس شورای اسلامی نیز در اولین سالگرد ترور فخری‌زاده اعتراف کرد با وجود فتوای علی خامنه‌ای در مورد حرام بودن سلاح هسته‌ای فخری‌زاده برای آن سیستم ایجاد کرد زیرا مسئله فقط دفاع از کشور نبود و «ما پشتیبان جبهه مقاومت» نیز هستیم بنابراین اسرائیل روی فخری‌زاده حساس شد.
