فرماندهان ارشد نظامی در ایران از تصمیم علی خامنه‌ای برای عدم مذاکره با آمریکا حمایت می‌کنند. این حمایت‌ها در شرایطی است که دونالد ترامپ هشدار داده است اگر تهران حاضر به مذاکره و توافق جدید نباشد گزینه بعدی حمله نظامی خواهد بود.
عبدالرحیم موسوی فرمانده کل ارتش جمهوری اسلامی که آرزوی او نماز خواندن در اورشلیم (مسجدالاقصی) است، می‌گوید، «هیچ آدم عاقلی نمی‌تواند مذاکره تحت فشار و تحریم را بپذیرد.» او پیشتر نیز با رد مذاکره گفته بود «ما از جنگ و آشوب استقبال نمی‌کنیم و آن را دوست نداریم، اما اگر جنگی شروع شود و اتفاقی بیفتد، با قدرت از ایران دفاع می‌کنیم.»
پاسدار حسین اشتری مشاور عالی رئیس ستاد کل نیروهای مسلح نیز با تکرار مواضع خامنه‌ای گفت، «ایالات متحده آمریکا پای عهد و پیمانی که می‌بندند، نمی‌مانند و این موضوع به تجربه ثابت شده است.» او تأکید کرده است مذاکره با آمریکا به ضرر ملت ایران است.
تصمیم برای عدم مذاکره با آمریکا مورد حمایت حسین سلامی فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی نیز قرار دارد. طی هفته‌های اخیر با افزایش احتمال حمله نظامی، اغلب فرماندهان ارشد نیروهای مسلح جمهوری اسلامی تلاش می‌کنند ضمن اعلام آمادگی برای رویارویی با هر شرایطی، دست‌کم در کلام نشان دهند که در رکاب خامنه‌ای هستند اما اینکه آیا از نظر نظامی نیز حکومت برای مقابله با حمله احتمالی آمادگی کافی داشته باشد به شدت مورد تردید است.
رهبر جمهوری اسلامی ۲۲ اسفندماه ۱۴۰۳ در دیدار با دانشجویان بسیجی، درباره احتمال حمله نظامی به تأسیسات اتمی جمهوری اسلامی گفت، «ایران به دنبال جنگ نیست اما اگر آمریکایی‌ها و عوامل‌شان دست به اقدام غلطی بزنند، اقدام متقابل از طرف ایران قاطع و حتمی است و آنکه بیشتر ضرر می‌کند، آمریکاست.»
دونالد ترامپ رئیس جمهوری آمریکا که اخیراً برای دعوت به مذاکره به خامنه‌ای نامه فرستاده، دو گزینه پیش روی حکومت ایران قرار داده است: یا مذاکره و امضاء یک توافق جدید یا بمباران!
روزنامه «وطن امروز» در گزارشی با اشاره به مواضع خامنه‌ای در مورد حمله نظامی به تفسیر ادعای خامنه‌ای پرداخت که گفته در صورت جنگ «آمریکا بیشتر ضرر می‌کند.»
در این گزارش آمده اگر «این حمله از سوی آمریکا یا اسرائیل صورت بگیرد، مراکز نظامی آمریکا در منطقه و اطراف جزو اهداف رژیم ایران خواهد بود، منافع اقتصادی آمریکا در منطقه مثل کشتی‌های تجاری آمریکایی در خلیج‌فارس و دریای عمان و اقیانوس هند جزو اهداف مشروع ایران خواهد بود، همه ارکان مقاومت وارد این جنگ می‌شوند و هدف قرار دادن تاسیسات هسته‌ای ایران باعث حرکت جمهوری اسلامی به سمت تجدید نظر در دکترین هسته‌ای خواهد شد.»
انستیتو واشنگتن در مقاله‌ای که ۲۱ اسفندماه ۱۴۰۳ منتشر شد، «حملات هوایی موفق اسرائیل» در آوریل و اکتبر ۲۰۲۴ به سامانه‌های دفاعی اس-۳۰۰ در ایران را مقدمه‌ای بر هدف قراردادن تاسیسات هسته‌ای جمهوری اسلامی دانسته است.
در این مقاله آمده است که با از بین رفتن این سامانه، امکان انجام حملات بعدی به تاسیسات هسته‌ای فراهم شده است. سامانه‌هایی که اسرائیل پیشتر هدف قرار داد، از تاسیسات هسته‌ای اصفهان و نطنز محافظت می‌کرد.
