«علی‌رغم آنکه درباره محاکمات بی‌رویه و بی‌قانون در دادگاه‌های انقلاب مطالب زیادی گفته شده است، انقلاب اسلامی ایران کمترین کشتار انتقامی و انقلابی را داشت! چه از طرف عامه‌ی مردم و چه از طرف مدیران و رهبران انقلاب و این حقیقت تاریخی موضوع و پدیده‌ی کوچکی نیست.»
این جملات، بخشی از سخنان محمد خامنه‌ای برادر بزرگتر علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی و ولی مطلقه فقیه است که به تازگی در وبسایت «مرکز اسناد انقلاب اسلامی» منتشر شده است.
به گزارش وبسایت این مرکز، محمد خامنه‌ای از جمله نخستین افرادی بوده که در ابتدای انقلاب اسلامی در راه‌اندازی دادگاه‌های انقلاب اسلامی که هزاران نفر را با احکام اعدام به کام مرگ فرستاده دست داشته است.
در بخشی از گزارش مفصل منتشر شده در وبسایت «بنیاد عبدالرحمن برومند» درباره نخستین اعدام‌های دادگاه انقلاب اسلامی به نقل از صادق خلخالی رئیس وقت دادگاه انقلاب اسلامی آمده است:«دادگاه‌های انقلاب اسلامی زاییده خشم ملت ایران است و این ملت هیچ اصلی خارج از اصول اسلامی را نخواهد پذیرفت. در دادگاه‌های انقلاب جایی برای وکیل نیست، اینها می‌خواهند با گشتن دنبال ماده قانون وقت دادگاه‌ها را بگیرند و این کاسه صبر مردم را لبریز می‌کند.»
در ادامه این گزارش به نطق تلویزیونی روح‌الله خمینی در تاریخ ۱۳فروردین ۱۳۵۸ در پاسخ به انتقادات از دادگاه انقلاب اشاره شده است: «حقوق بشر اقتضا می‌کند که ما آنها را همان روز اول کشته باشیم برای اینکه مجرمند، و معلوم است که اینها مجرم هستند. آنکه باید برای او وکیل گرفت، آنکه باید به ادعای او گوش کرد، او متهم است نه مجرم. اینها متهم نیستند، اینها مجرم هستند. اینها اشخاصی بودند که در خیابان‌ها مردم را کشته‌‌اند، زجر دادند… ما در عین حال که اینها را– همه را– مجرم می‌دانیم و باید فقط هویت اینها ثابت بشود و آنها را باید همینکه هویت‌شان ثابت شد کشت.»
وبسایت «تاریخ شفاهی ایران» نیز در گزارشی با اشاره به اینکه محاکمات سران حکومت پهلوی از سوی صادق خلخالی تنها سه روز پس از پیروزی انقلاب اسلامی آغاز شد می‌نویسد: «در اولین گام، نیمه شب ۲۵ بهمن ۱۳۵۷، سه روز پس از پیروزی انقلاب و یک روز بعد از تشکیل کابینه دولت موقت، نخستین افسران شاه تیرباران شدند. سپهبد مهدی رحیمی فرماندار نظامی تهران و رییس شهربانی سابق، سرلشکر رضا ناجی (معروف به « قصاب» اولین فرماندار نظامی اصفهان در جریان مبارزات ملت ایران به دلیل سرکوب قیام مردم اصفهان در چهلمین روز واقعه خونین تبریز)، سرلشگر خسروداد فرمانده نیروی هوایی (فرمانده هوانیروز و متهم به هدایت مستقیم کشتار ۱۷ شهریور ۵۷ در تهران) و ارتشبد نصیری رییس سابق ساواک اولین کسانی بودند که توسط دادگاه انقلاب اعدام شدند.
او (صادق خلخالی) بعد‌ها مدعی شد که «در طول چهار ماه نخست انقلاب، نزدیک به چهارصد نفر از مقامات عالی‌رتبه دولت پیشین و افسران ارتش را به مرگ محکوم کرد.»
محمد خامنه‌ای در ادامه صحبت های خود با اشاره به اینکه در سال ۱۳۵۹ وی در رأس اولین هیئت سیاسی و دیپلماسی به جمهوری خلق چین سفر کرده بود می گوید:« مقام چینی به عنوان نصیحت به ملت ما، می‌گفت که ما در هرج و مرج انقلاب فرهنگی کشورمان زیان بسیار دیدیم (مقصودش این بود که مانع خرابکاری‌های جوانان انقلابی و صدمه به مواریث فرهنگی بشویم). من به او گفتم وقتی جوانان انقلابی مسلح به امر امام خمینی، امنیت کشور را در دست داشتند چنان امنیتی در کشور حاصل شد که در هیچ دوره‌ی تاریخی در کشور ما سابقه نداشته! رئیس هیئت چینی به فکر فرو رفت و پس از لحظه‌ای با حالت خاص و صمیمانه گفت: شما ملت بزرگی هستید!»
او ادامه می دهد: «ما در مدرسه‌ی رفاه شاهد بسیاری از این انتظارات و ابراز آنها از طرف گروه‌های مخلص ملت بودیم. مثلاً وقتی فرمانده هوابرد سرتیپ خسرو داد را به زندان آوردند، نظامیانی که جنایات او را می‌دانستند هر روز برای درخواست مجازات او به ما مراجعه می‌کردند تا بالاخره خلخالی او را اعدام کرد. اگر نظام اسلامی دستگیرشده‌ها را محاکمه و اعدام و یا زندانی نمی‌کرد داخل کشور هرج و مرج می‌شد و باگناه و بی‌گناه کشته می‌شدند. البته اشتباهات معدودی از قضات تندرو را هم نباید نادیده گرفت و این در انقلاب‌های مهم طبیعی است و اصولاً انقلاب با نظم نمی‌سازد!»
محمد خامنه‌ای با وقاحتی بی‌نظیر در تعریف زندان مخوف اوین گفته است «اگر در اول انقلاب به نصیری‌ها و مقدم‌ها و خسرودادها و رحیمی‌ها رحم کرده بودند و پس از چند سال تحمل زندان خوش‌خاطره و لذیذ در «هتل- زندان» آنها را آزاد کرده بودند، وقایع مهم و جنایات بزرگی به دست آنها علیه ملت انجام می‌شد که ممکن بود تمام دستاوردهای ملت را بر باد دهد.»
بنیاد عبدالرحمن برومند دست کم ۱۳۶۹۰ مورد اعدام و قتل فراقضایی را طی دهه اول جمهوری اسلامی ثبت یا مستند کرده است. این تعداد در بین سال‌های ۱۹۹۰ تا ۲۰۰۹ میلادی (۱۳۶۹ تا ۱۳۸۸) بیش از ۴۲۰۰ مورد و از سال ۲۰۱۰ (۱۳۸۹) به بعد ۳۹۱۶ مورد بوده است. از آنجا که بسیاری از اعدام‌ها هرگز گزارش نشده‌اند، شمار واقعی کشتار در زندان‌ها توسط جمهوری اسلامی بی‌تردید بسیار بیشتر از این ارقام است.
