چند ماه پس از مرگ علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی، علی خامنه‌ای تصمیم گرفت فکری را که از مدت‌ها پیش درباره دانشگاه آزاد در سر داشت عملی کند.
او از علی‌اکبر ولایتی از محارم خود خواست انجام این کار را به عهده بگیرد و هر چه زودتر دانشگاه آزاد را در فهرست موسسات و سازمان‌های زیر نظر رهبری قرار دهد. ولایتی اجرای این برنامه را با انتقاد از وضع و شرایط موجود دانشگاه و ریخت و پاش‌های مالی در شعبه‌های این مرکز آموزش عالی آغاز کرد.
یکی از مأموریت‌های ولایتی تغییر مدیریت دانشگاه آزاد بود که انجام آن به زمینه‌سازی و بهانه‌تراشی برای تضعیف موقعیت دکتر میرزاده رئیس و نماینده تام‌الاختیار هاشمی رفسنجانی در این دانشگاه و سپس تغییر او نیاز داشت.
دکتر میرزاده یک بار در دوران ریاست جمهوری احمدی‌نژاد زمانی که کامران دانشجو وزیرعلوم کابینه او که در ایام انتخابات ریاست جمهوری معاون وزارت کشور و مسئول انجام انتخابات بود عزل شد و دانشجو برادر خود را جانشین وی کرد. اما چند روز پس از پایان دوران ریاست جمهوری احمدی‌نژاد و انتخاب حسن روحانی، برادر دانشجو با اشاره رفسنجانی و حمایت دولت از سمت خود برکنار گردید و دکتر میرزاده دوباره بر صندلی قدیمی خویش جلوس کرد. محسن هاشمی رفسنجانی مدیرعامل پیشین متروی تهران نیز به عنوان مدیر توسعه و گسترش دانشگاه آزاد در کنار او قرار گرفت.
در این سال‌ها دانشگاه آزاد ده‌ها شعبه در شهرهای بزرگ و کوچک ایران تأسیس کرد. رفسنجانی همواره این منت را بر سر علی خامنه‌ای و همفکران و همراهان او می‌گذاشت که با تأسیس دانشگاه آزاد به شکلی آبرومندانه و مردم‌پسند هزاران هزار جوان بیکار، بی‌پول و مأیوس و معترض را از خیابان‌ها جمع کرده سر کلاس نشانده و به این ترتیب یک معضل بزرگ اجتماعی، سیاسی را حل نموده است.
هفته پیش سرانجام با خلع دکتر میرزاده رئیس دانشگاه، عضو و دبیر هیأت امنا، طرح الحاق این دانشگاه به بیت رهبری وارد مرحله اجرابی شد و در جلسه اضطراری هیأت امنای دانشگاه که این هفته تشکیل گردید، در ابتدای جلسه دکتر هاشمی وزیر بهداشت و عضو دیگری از هیأت امنا که از ماجرا با خبر بودند به بهانه حضور درهیأت دولت جلسه را ترک کردند. اعضای باقیمانده از توضیحات میرزاده و همکارانش در مورد مسائل مالی دانشگاه قانع نشدند و به دلیل آشفتگی اوضاع دانشگاه و خرج‌های بیشتر از دخل عذر دکتر میرزاده را خواستند.
آنها مدعی شدند چون رئیس دانشگاه و همکارانش نتوانستند درباره مشکلات دانشگاه توضیحات قانع‌کننده بدهند تصمیم به برکناری وی گرفته شد، اما دکتر میرزاده که از قضایای پشت این تغییر و تبدیل و تسویه‌حساب میان رهبری رژیم و شخص هاشمی رفسنجانی خبر داشت به حاضران در جلسه گفت: نه کناره‌گیری می‌کنم و نه از فردا سرکارم حاضر می‌شوم و هیأت امنا نیز کسی را که در آستین داشتند «علی نوریان» به عنوان رئیس موقت دانشگاه تعیین کردند.
دکتر حمید میرزاده در سال ۱۳۸۶ به دعوت علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی و تصویب اکثریت هیأت امنای دانشگاه به عنوان عضو هیأت موسس و دبیر هیأت امنا انتخاب شد و در سال ۱۳۹۲ با رأی اعضای هیأت امنا از جمله حسن خمینی، دکتر قاضی‌زاده هاشمی، دکتر جعفر توفیقی و دیگران به ریاست دانشگاه منصوب گردید.
به دنبال این رویدادها حجت‌الاسلام مصطفی ذوالقدر از اطرافیان نزدیک رفسنجانی به روزنامه آفتاب گفت: دانشگاه آزاد اسلامی در سنوات گذشته توسعه بسیار زیادی داشته و باعث افزایش تأثیرگذاری در جامعه شده است. هجمه‌هایی که اخیرا در برخی رسانه‌ها علیه این دانشگاه انجام می‌شود به منظور فشار سیاسی بر این مجموعه بزرگ در آستانه انتخابات است و تمام این اتهامات از اساس کذب بوده و جوسازی انتخاباتی است.
او که عضو هیأت امنای دانشگاه آزاد اسلامی هرمزگان است افزود: هدف دانشگاه از طرح‌های سرمایه‌گذاری و دانش بنیان کاهش اتکا به شهریه دانشجویان است. تأمین بخشی از هزینه‌های دانشگاه از این فعالیت‌های اقتصادی و دانش بنیان باعث می‌شود دانشگاه مجبور به افزایش شهریه‌ها نباشد و فشار کمتری به خانواده‌ها بیاید علاوه بر اینکه می‌تواند منجر به افزایش تولید و اشتغال در جامعه شود.
