وزیر دفاع جمهوری اسلامی با تاکید بر «عزم جدی نظام» بر مجازات قطعی عاملان و آمران ترور محسن فخریزاده گفته «دشمن پلید و جنایتکار بداند قطعاً پاسخ این رفتار ننگین خود را خواهند دید و ملت تقاص این اقدام ددمنشانه را پس خواهد گرفت.»
خبرگزاری ایرنا دوشنبه دوم فروردین گزارش داد امیر حاتمی وزیر دفاع و پشتیبانی به همراه حجت‌الاسلام سید ضیاء‌الدین آقاجانپور رئیس سازمان عقیدتی سیاسی وزارت دفاع برای دیدار نوروزی به خانه فخریزاده رفتند و با خانواده او دیدار کردند.
حاتمی ادعا کرد «تهیه و ساخت کیت تشخیص کرونا» در نخستین روزهای شیوع کرونا در ایران از اقدامات فخریزاده است و آغاز فاز اول کارآزمایی بالینی «واکسن ایرانی فخرا» ثمره تلاش او و همکارانش در «سپند» است.
سازمان نوآوری و تحقیقات دفاعی (سپند) مؤسسه‌ای وابسته به دانشگاه صنعتی مالک اشتر است.
آقاجانپور رئیس سازمان عقیدتی سیاسی وزارت دفاع نیز در این دیدار گفت «در ملاقات‌هایی که با شهید فخریزاده داشته‌ام ایشان را علاقه‌مند به معارف و علوم قرآن و فلسفه علم دیدم که در پی کشف حقایق علمی از قرآن کریم بود.»
ترور فخریزاده یکی از ضربات امنیتی سنگینی بود که جمهوری اسلامی در سال ۱۳۹۹ خورد.
اواسط بهمن ۱۳۹۹ محمود علوی وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی در یک برنامه تلویزیونی گفت «فردی که اولین تدارکات را برای ترور انجام داده هم جزو نیروهای مسلح بوده است.»
در ایران مسبب ترور فخریزاده را اسرائیل می‌دانند هرچند که آنها نیز در مقابل این اتهام سکوت کردند و حتی شماری از رسانه‌های غربی به نقل از برخی منابع امنیتی دخالت اسرائیل در عملیات قتل فخریزاده را تأیید کردند. او یکی از عوامل اصلی برنامه‌های اتمی و موشکی جمهوری اسلامی بود و ترور وی در شرایطی صورت گرفت که رژیم تهران با نقض تعهدات برجام میزان غنی‌سازی و ذخایر اورانیوم خود را افزایش داد. حتی برخی منابع امنیتی غربی هشدار دادند تهران به تولید بمب اتم نزدیک‌تر از هر زمان دیگریست.
بعد از کشته شدن قاسم سلیمانی در عراق در ژانویه ۲۰۲۰ توسط پهپادهای آمریکایی، جمهوری اسلامی با چند موشک پایگاه آمریکایی «عین الاسد» در عراق را هدف قرار داد. عملیاتی که محمدجواد ظریف گفت با هماهنگی نیروهای مسلح عراق صورت گرفت و بعدها گفته شد که ژنرال‌های آمریکایی از زمان آن با خبر بوده و پیشگیری‌های لازم را انجام داده بودند. اما بعد از ترور فخریزاده نظام نتوانست اقدام ویژه‌ای انجام دهد و پشت «صبر استراتژیک» پنهان شد و انتقام را به زمان دیگری موکول کرد.
