مرکز تحقیقاتی «الما» مستقر در ایالت ویسکانسین آمریکا می‌گوید شرکت هواپیمایی «ماهان» تحت پوشش خطوط مسافربری به انتقال مقادیر قابل توجهی تسلیحات در مناطقی که شبه‌نظامیان شیعه وابسته به جمهوری اسلامی مستقرند با سپاه پاسداران همکاری می‌کند.
تال بری پژوهشگر امور امنیتی و نظامی می‌گوید: «ماهان بزرگترین شرکت هواپیمایی خصوصی ایران است و در زیرمجموعه یک مؤسسه خیریه فعال است. این هلدینگ پوشش اقتصادی سپاه است.» اشاره این مقام نظامی به مؤسسه «مولی الموحدین» است.
در این گزارش آمده حمید عرب‌نژاد مدیرعامل ماهان احتمالاً همان فرمانده پیشین «سپاه قدس» در بوسنی و هرزگوین است. منطقه‌ای که سپاه پاسداران در آنجا به دنبال ایجاد پایگاهی در اروپا بود.
هرچند ماهان ایر مشمول تحریم‌های آمریکاست اما این مانع پرواز آن به کشورهای متعدد در سراسر جهان از جمله پروازهای دائمی از ایران به سوریه و لبنان نمی‌شود.
تال بری همچنین می‌گوید: «ماهان شریک سپاه پاسداران در لجستیک نیرو و تسلیحات است.»
در گزارش مؤسسه «الما» فهرستی از ۶۳ خلبان «ماهان ایر» که گفته می‌شود در قاچاق سلاح دست دارند منتشر شده است. این خلبانان بطور رسمی وابسته به سپاه نیستند اما به احتمال زیاد برخی از آنها سپاهی هستند و یا مأمور به خدمت در ماهان شده‌اند.
نهادهای امنیتی آرژانتین خرداد ۱۴۰۱ یک فروند هواپیمای باری بوئینگ متعلق به شرکت «امتراسور» ونزوئلا را در مسیر هوایی مکزیک به آرژانتین توقیف کردند. این هواپیما توسط شرکت «ماهان ایر» به ونزوئلا فروخته شده بود.
شماری از خدمه این هواپیما از جمله غلامرضا قاسمی خلبان هواپیما ایرانی بودند. سردار قاسمی عضو نیروی هوافضای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی است که مستقیماً در پروازهای هواپیمایی «فارس ایر قشم» سلاح به سوریه حمل می‌کرده است.
برخی نهادهای امنیتی منطقه مکالمات خلبانان و خدمه این هواپیما را شنود می‌کنند. تام بری می‌گوید «شنیدن آنچه در مکالمات خلبانان ماهان کشف می‌کنیم بسیار جذاب و حاوی مسائل قابل توجه است.»
اخیراً شرکت هواپیمایی معراج وابسته به ارتش جمهوری اسلامی پروازهای مستقیم از ایران به بیروت را آغاز کرده است.
مقامات دفاعی اسرائیل ابراز نگرانی کرده‌اند که از این پروازها برای تحویل تجهیزات و تسلیحات حساس به حزب‌الله استفاده شود.
کیهان لندن از سال ۱۳۹۵ گزارش‌های زیادی در مورد همکاری ماهان‌ایر و سایر شرکت‌های هواپیمایی با سپاه پاسداران انقلاب اسلامی منتشر کرده است.
در حال حاضر پروازهای ماهان ایر در حریم هوایی ایالات متحده، عربستان سعودی، اسرائیل، کانادا، ژاپن، آلمان و فرانسه ممنوع است، اما پروازهای آن به کشورهای خارج از خاورمیانه از جمله چین ادامه دارد. ماهان به ترکیه و مالزی و هندوستان نیز پرواز دارد.
بررسی‌ها نشان می‌دهد مسئولان ارشد و اعضای هیات مدیره شرکت‌های هواپیمایی ماهان و «فارس ایر قشم» از طریق سپاه پاسداران با یکدیگر همکاری دارند.
تحقیقات همچنین بیانگر این است که بین سال‌های ۲۰۱۸ تا ۲۰۲۱ حدود ۶۰ هزار بلیت هواپیمایی ماهان رزرو شده است. نگاهی به اسامی مسافران در بعضی خطوط پرواز نشان می‌دهد که با وجود رزرو صدها بلیط فقط نام ۹ نفر دائم در فهرست مسافران تکرار می‌شود. این ۹ نفر مجموعاً دوهزار بلیت خریداری کرده‌اند! در عین حال فقط ۱۵ شماره تلفن از مسافران ثبت شده است!
