سید ابراهیم رئیسی، نامزد دوازدهمین دور انتخابات ریاست جمهوری روز یکشنبه، ۳۱ اردیبهشت، در نامه‌ای به احمد جنتی، رئیس شورای نگهبان، مدعی وجود تخلفات متعددی در روند برگزاری انتخابات ریاست جمهوری شد.
ابراهیم رئیسی در این نامه با ابراز اعتماد و اطمینان به شورای نگهبان از احمد جنتی خواست به تخلفات صورت‌گرفته رسیدگی کند.
او همچنین به همراه این نامه ۳ صفحه‌ای، صدها صفحه مستند را در چندین مجلد برای شورای نگهبان ارسال کرده است.
با مشخص شدن نتیجه انتخابات ریاست جمهوری در روز شنبه، ۳۰ اردیبهشت ماه، و پیروزی قطعی حسن روحانی، رقیب ابراهیم رئیسی، او در پیامی با تبریک «حضور پرشکوه ملت ایران» در انتخابات روز جمعه، «برخی بداخلاقی‌های انتخاباتی و تخلفات آشکار در قبل و حین برگزاری انتخابات را از لحظات تلخ این رویداد» خوانده و تاکید کرد که آن را از مسیر قانونی پیگیری خواهد کرد.
در بخشی از این نامه آمده است: «همه ما در نظام مقدس جمهوری اسلامی موظف و مکلف به حفظ جمهوریت نظام و پاسداری از آرای مردم که مصداق حقوق شهروندی ایرانیان است هستیم و اینجانب با وعده‌ای که به مردم قهرمان و نجیب ایران داده‌ام، نمی‌توانم در برابر ظلم به حقوق مردم سکوت کنم؛ لذا تقاضا دارم در اجرای قانون به موارد گفته شده توجه و رسیدگی جدی شود.»
هنوز متن کامل نامه رئیسی به احمد جنتی بر روی خروجی خبرگزاری‌های ایران قرار نگرفته است.
پیشتر و در جریان تبلیغات انتخاباتی، ستاد ابراهیم رئیسی در نامه‌ای به شورای نگهبان به اقدام دولت درباره پرداخت یارانه‌ها اعتراض و اعلام کرد: «در روزهای اخیر از سازمان هدفمندی یارانه‌ها برای ۴ میلیون نفر از افراد با درآمد بالا که یارانه‌شان قطع شده بود، پیامک‌هایی با مضمون واریز دوباره یارانه آنها در ۲۶ اردیبهشت ارسال شد.»
با همه تنش‌هایی که پیش از انتخابات میان حسن روحانی و اسحاق جهانگیری با محمدباقر قالیباف و ابراهیم رئیسی وجود داشت اما در آخرین روزهای مانده به برگزاری انتخابات اسحاق جهانگیری به نفع حسن روحانی و محمدباقر قالیباف به نفع ابراهیم رئیسی از انتخابات انصراف دادند.
در نهایت واجدین شرایط شرکت در انتخابات در یک مشارکت ۷۳ درصدی و با دادن بیش از ۲۲ میلیون رأی، حسن روحانی را به عنوان رئیس دولت دوازدهم انتخاب کردند. ابراهیم رئیسی هم با بیش از ۱۵ میلیون رأی، این نبرد انتخاباتی را به حسن روحانی باخت.
